| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,098,900 | Δ1 bp | 100% | intergenic (+29/‑173) | mltC → / → nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,098,900 | 0 | G | . | 97.8% | 948.9 / 12.1 | 183 | intergenic (+29/‑173) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base . (85/94); total (87/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACA > CP009273/3098753‑3099041 | acacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggc > 2:2964820/1‑147 (MQ=255) ccATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggcaaa > 2:1106225/1‑144 (MQ=255) cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCaaaa < 1:120273/148‑1 (MQ=255) gACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATACCACCGCCCCCGCTAATTGCATTTACCCCCCCAGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATg > 1:3251337/1‑148 (MQ=255) gCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCACCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTa < 2:2753087/148‑1 (MQ=255) cGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATc < 2:2709569/148‑1 (MQ=255) cGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATc < 2:3069915/148‑1 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCca < 2:2028376/148‑1 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCca > 1:2031224/1‑148 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCca < 2:295358/148‑1 (MQ=255) cGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca > 1:869675/1‑148 (MQ=255) gATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAAGACCGCNCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACAt < 1:1780311/148‑1 (MQ=255) tGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATca < 2:566471/148‑1 (MQ=255) gTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATcac > 1:806487/1‑148 (MQ=255) gTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATcac > 1:251269/1‑148 (MQ=255) tttATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCCCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATcaca > 1:626093/1‑148 (MQ=255) tCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt > 2:2723017/1‑148 (MQ=255) aGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCg < 1:744733/148‑1 (MQ=255) cGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGttt < 2:1224521/148‑1 (MQ=255) acgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaa < 2:3003623/148‑1 (MQ=255) acgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaa < 2:3003666/148‑1 (MQ=255) acgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaa < 1:2967881/148‑1 (MQ=255) cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaaa < 2:2457755/148‑1 (MQ=255) cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaaa < 2:1683892/148‑1 (MQ=255) cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAAACCTAACGCAGCCGATAATACCATTAACAGCCCCAGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATACACATCAAAATTTCGTTTTGCaaa > 2:2279860/1‑148 (MQ=255) gacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAt < 1:518686/148‑1 (MQ=255) gacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAt < 1:1248252/148‑1 (MQ=255) cccGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt > 1:1883769/1‑148 (MQ=255) cccGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTACATTAAACGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAATTCGTTTTGCAAATTg > 1:756526/1‑148 (MQ=255) gCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGa < 2:2493425/148‑1 (MQ=255) ccATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:2091856/148‑1 (MQ=255) ccATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 2:3448539/148‑1 (MQ=255) ccATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:3393588/148‑1 (MQ=255) ccATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:3394539/148‑1 (MQ=255) aTCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATg > 2:364218/1‑148 (MQ=255) tCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 1:2727164/1‑148 (MQ=255) tCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 2:3082456/1‑148 (MQ=255) tCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATAACGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCGGACGATGCTCA‑GGGCCAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 1:26909/1‑148 (MQ=255) cccTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGtt < 2:870227/148‑1 (MQ=255) ccTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGttt > 2:632424/1‑148 (MQ=255) agtctGCGGAATCTCTCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATACTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCTCCCATGACGATTCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGttt < 2:3365878/146‑1 (MQ=255) ctGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCa < 1:668032/148‑1 (MQ=255) gCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAat < 2:1342577/148‑1 (MQ=255) cGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAAGACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAatt < 2:3425372/148‑1 (MQ=255) gAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAACTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAACTTGGGAATGTTTGCAatta < 2:79047/148‑1 (MQ=255) gAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattat < 2:3155727/148‑1 (MQ=255) gAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattat < 2:1363485/148‑1 (MQ=255) gCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCcac > 2:298335/1‑148 (MQ=255) ccGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCGCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTTCAAATTGTGAATGTTTGCAATTATTTGCcaca > 1:3427065/1‑148 (MQ=255) 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ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaaa < 1:2335329/148‑1 (MQ=255) ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaaa < 1:1567401/148‑1 (MQ=255) taAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaaaa < 1:195004/148‑1 (MQ=255) aaaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAAc < 1:98249/148‑1 (MQ=255) aaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACACTTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAAcc > 2:304391/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |