Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 317,205 | G→A | 100% | intergenic (+413/‑114) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 317,205 | 0 | G | A | 99.6% | 769.4 / ‑5.9 | 261 | intergenic (+413/‑114) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (120/134); minor base T (0/5); total (120/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTA > CP009273/317058‑317346 | ggATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGggtg < 2:271583/148‑1 (MQ=255) ggATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGggtg < 2:2716750/148‑1 (MQ=255) gATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGggtgg < 1:2688360/148‑1 (MQ=255) aTGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGggtggt < 2:2169109/148‑1 (MQ=255) ccATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGTATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTg > 1:2497261/1‑148 (MQ=255) cATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGc < 1:3019116/148‑1 (MQ=255) cATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGc > 2:2307408/1‑148 (MQ=255) tttttAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTa > 1:859202/1‑148 (MQ=255) ttttAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAg > 2:3016075/1‑148 (MQ=255) ttttAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAg < 2:615646/148‑1 (MQ=255) aaaTGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCaa < 2:42607/148‑1 (MQ=255) aaTGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAAt < 1:224579/148‑1 (MQ=255) aaTGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAAt < 1:3127299/148‑1 (MQ=255) ggATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTaa > 2:2848740/1‑148 (MQ=255) 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aaaTGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCAtatt > 1:2468686/1‑148 (MQ=255) aTGAACGTCGATTTCCCCCTAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCAtattta > 2:1147934/1‑148 (MQ=255) aTGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCAtattta < 2:2772648/148‑1 (MQ=255) aacgtcgATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATtg < 2:1767173/146‑1 (MQ=255) aacgtcgATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATtg < 1:2848816/146‑1 (MQ=255) 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ATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTA > CP009273/317058‑317346 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |