| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,249,117 | G→T | 100% | intergenic (+68/‑48) | dinF → / → yjbJ | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein/stress‑induced protein, UPF0337 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,249,117 | 0 | G | T | 99.0% | 711.5 / ‑2.0 | 221 | intergenic (+68/‑48) | dinF/yjbJ | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein/stress‑induced protein, UPF0337 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (118/100); total (119/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAGGTAAAGTGAAAGAGCAATGGGGCAAACTGACCGATGATGATATGACGATCAT > CP009273/4248973‑4249259 | tGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaa < 1:3321473/148‑1 (MQ=255)tGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaa < 1:2629526/148‑1 (MQ=255)tGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaa < 1:1378933/148‑1 (MQ=255)tGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaa < 1:2332206/148‑1 (MQ=255)tGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaa < 2:2364762/148‑1 (MQ=255) cGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGt < 2:3008250/148‑1 (MQ=255) gTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTg < 2:81738/148‑1 (MQ=255) tGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGaa > 2:1591082/1‑148 (MQ=255) tGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGaa < 2:2629378/148‑1 (MQ=255) 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ttCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAg > 2:1779801/1‑148 (MQ=255) ttCTGAATAAATAATCCTAAGACAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAg < 2:1610076/148‑1 (MQ=255) tCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAgg > 2:1538860/1‑148 (MQ=255) tCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAgg < 2:1724235/148‑1 (MQ=255) tCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAgg > 1:1606643/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |