Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,417,122 | G→T | 100% | R40S (CGT→AGT) | yjfZ ← | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,417,122 | 0 | G | T | 98.8% | 738.6 / 0.3 | 245 | R40S (CGT→AGT) | yjfZ | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (101/139); total (104/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ATCCAAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACGATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGAATAAATAGTCGTTGGTAATGTCATTGTAATGTTACCTGTTTAATGTTTTTATAA > CP009273/4416978‑4417269 | tccaAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACGAttt > 1:2288431/1‑148 (MQ=255) aaTTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTaa < 2:1670051/148‑1 (MQ=255) aaTTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTaa > 1:2811459/1‑148 (MQ=255) aTTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAAt < 2:273476/148‑1 (MQ=255) ttATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTTTAAGTAAtt > 1:56989/1‑147 (MQ=255) ttATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATg > 2:743142/1‑148 (MQ=255) tATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGt < 1:1591306/148‑1 (MQ=255) tATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGt > 1:1764510/1‑148 (MQ=255) aTCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTa < 1:1047086/148‑1 (MQ=255) tCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTAAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATTATCTCTTACACTATTTGTAAGTAATGTAg > 1:473775/1‑148 (MQ=255) ccATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTTAAAGTAATTTAgcgc > 2:2712769/1‑148 (MQ=255) ccATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgcgc > 2:2047104/1‑148 (MQ=255) cattcattGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGcgcg < 2:152854/148‑1 (MQ=255) ttGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCgcgtgcgtt > 2:3312254/1‑147 (MQ=255) ttGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTAGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTa > 2:755736/1‑148 (MQ=255) gATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTAAGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATtga > 2:320790/1‑148 (MQ=255) aTTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATtgat < 1:2391210/148‑1 (MQ=255) tCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATtgatga < 1:3513277/148‑1 (MQ=255) cATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGaaa < 1:1900273/148‑1 (MQ=255) aTCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTTACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTAAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATTTTCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATTAaat > 2:1192980/1‑148 (MQ=255) aTCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAaat < 1:3120047/148‑1 (MQ=255) tAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCCTCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAaatttta > 2:180792/1‑148 (MQ=255) aaGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTTCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCAACGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGGGCGTATTGATGTaattttaa > 1:1013938/1‑148 (MQ=255) aGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAaattttaat < 2:3205655/148‑1 (MQ=255) gCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTATTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAAGTAAGATCTCTTCCACTCTTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATTAaattttaatt > 2:634869/1‑148 (MQ=255) gCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAaattttaatt > 2:2545523/1‑148 (MQ=255) gCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGCATTGATGAaattttaatt < 1:3232923/148‑1 (MQ=255) aTTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAaattttaatttt < 2:1334508/148‑1 (MQ=255) aTTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGAGCGTGCGTATTGATGAaattttaatttt < 2:2366388/148‑1 (MQ=255) ttACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAattttaatttta > 1:865648/1‑148 (MQ=255) cacCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTg < 1:3004203/148‑1 (MQ=255) acCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTgg < 2:2404578/148‑1 (MQ=255) ccTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGt < 1:1463326/148‑1 (MQ=255) ccTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGt < 2:139670/148‑1 (MQ=255) cTCGTCGCTAACTTATTTAATTCTTGCCAGTCTGAGATATCTAGTTTTTTGATCTAAAAAGTACGTATTCCATCGCAAATATTATATCTTCCACAATTTTAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTAATTGtt > 1:3372014/1‑148 (MQ=255) cTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACGATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGtt > 2:1854390/1‑148 (MQ=255) cgtcgCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTg > 1:3466139/1‑148 (MQ=255) tcgCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTc < 1:3254348/148‑1 (MQ=255) tcgCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTc < 1:2158214/148‑1 (MQ=255) cgCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCg > 2:2433893/1‑148 (MQ=255) tAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTg < 2:1666289/148‑1 (MQ=255) tAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTg > 2:1915187/1‑148 (MQ=255) aaCTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTgg < 1:1126426/148‑1 (MQ=255) cTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGAc > 1:1000320/1‑148 (MQ=255) 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tGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATa < 1:2603767/148‑1 (MQ=255) tGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATa > 2:2573420/1‑148 (MQ=255) ccAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATaaa < 2:2201547/148‑1 (MQ=255) tCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATg < 1:631061/148‑1 (MQ=255) cTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGc < 1:3216234/148‑1 (MQ=255) gagagaTCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAg > 1:717192/1‑148 (MQ=255) gagaTCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGa > 2:446317/1‑148 (MQ=255) gaTCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGaaa < 2:196222/148‑1 (MQ=255) tCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATg < 2:2274499/148‑1 (MQ=255) tAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGaa < 2:8774/148‑1 (MQ=255) gTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGaata < 2:3485754/148‑1 (MQ=255) tttGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGaataa > 1:399906/1‑148 (MQ=255) aTCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGAATAAATAGTCg < 2:90750/148‑1 (MQ=255) tcAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGAATAAATAGTCGTTg < 2:3295045/148‑1 (MQ=255) aCAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGAATAAATAGTCGTTGGTa < 1:2129592/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |