Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,494,721 | G→A | 100% | A283T (GCC→ACC) | yjhB → | putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,494,721 | 0 | G | A | 98.4% | 776.2 / 2.4 | 244 | A283T (GCC→ACC) | yjhB | putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base A (120/119); total (121/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTCTTATAGGATTATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTA > CP009273/4494576‑4494865 | gATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAAcc > 2:667942/1‑148 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCt > 1:3353518/1‑148 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCt > 1:1913399/1‑148 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCtt > 2:1613575/1‑148 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCtt > 2:1480243/1‑148 (MQ=255) cGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTa < 2:1014837/148‑1 (MQ=255) cGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTa < 1:561372/148‑1 (MQ=255) ggACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAg > 2:2091556/1‑148 (MQ=255) ggACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAg > 2:621681/1‑148 (MQ=255) 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tAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTc < 1:1105738/148‑1 (MQ=255) tAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTc < 1:2010057/148‑1 (MQ=255) aTGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCt < 2:2792197/148‑1 (MQ=255) aTGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCt < 2:2710041/148‑1 (MQ=255) tGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCtt > 1:288326/1‑148 (MQ=255) 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tCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTAt < 1:2125491/148‑1 (MQ=255) cATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTAtt < 2:2400155/148‑1 (MQ=255) aTTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTGTTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTAttt > 2:2613941/1‑148 (MQ=255) tttCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTc > 1:2023512/1‑148 (MQ=255) tttCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTc > 1:250780/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |