Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 385,815 | G→T | 100% | pseudogene (109/1458 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 385,815 | 0 | G | T | 99.6% | 826.5 / ‑4.4 | 250 | pseudogene (109/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (138/111); total (139/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACG > CP009273/385671‑385959 | ggATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCtata > 1:3183707/1‑148 (MQ=255) aTCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGTGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAAt < 1:1887349/148‑1 (MQ=255) aTCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAAt < 1:1818740/148‑1 (MQ=255) aCTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCg < 2:24662/148‑1 (MQ=255) cccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACtt > 1:925773/1‑148 (MQ=255) cTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGa < 2:1132656/148‑1 (MQ=255) tGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGAt < 1:2645930/148‑1 (MQ=255) tGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGAt > 1:2108665/1‑148 (MQ=255) gaggagGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGAtt < 2:785822/148‑1 (MQ=255) aggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTg < 2:3346192/148‑1 (MQ=255) ggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTgg > 1:2402275/1‑148 (MQ=255) ggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTgg < 2:725988/148‑1 (MQ=255) gaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTggg > 1:3011682/1‑148 (MQ=255) gaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTggg < 1:598311/148‑1 (MQ=255) gggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGAt > 1:457350/1‑148 (MQ=255) gggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGAt > 2:1030178/1‑148 (MQ=255) ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATGGGGATc > 2:2251255/1‑148 (MQ=255) aTGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 1:1524034/148‑1 (MQ=255) aaaTGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGa > 1:477491/1‑148 (MQ=255) aaTGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt < 2:659879/148‑1 (MQ=255) aaTGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt > 2:2309855/1‑148 (MQ=255) aaTGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt < 2:311600/148‑1 (MQ=255) tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATaa > 1:1049501/1‑148 (MQ=255) gCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAag > 2:1908922/1‑148 (MQ=255) cACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAagg > 1:3325561/1‑148 (MQ=255) aCTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGGATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggc < 2:361975/148‑1 (MQ=255) aCTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggc > 1:915756/1‑148 (MQ=255) aCTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggc < 1:1405234/148‑1 (MQ=255) cTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggca > 1:990218/1‑148 (MQ=255) cTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggca > 1:2743897/1‑148 (MQ=255) cTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggca > 2:522727/1‑148 (MQ=255) tCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcag > 2:227371/1‑148 (MQ=255) ccTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcagg < 1:2711246/148‑1 (MQ=255) ccTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcagg > 1:279814/1‑148 (MQ=255) cTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcaggc < 2:2479197/148‑1 (MQ=255) aaaGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTa > 1:141217/1‑148 (MQ=255) aGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGa > 2:1288390/1‑148 (MQ=255) aGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGa < 1:2320322/148‑1 (MQ=255) gAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGAt > 2:3460161/1‑148 (MQ=255) gAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGAt > 1:2489495/1‑148 (MQ=255) aaCTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATgg < 2:2138635/148‑1 (MQ=255) aaCTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATgg < 2:2638677/148‑1 (MQ=255) aCTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGc < 1:2838873/148‑1 (MQ=255) ttGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa > 2:3243718/1‑148 (MQ=255) tagtaTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTa < 2:2194475/148‑1 (MQ=255) taTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGt > 2:1874569/1‑148 (MQ=255) taTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGt > 2:2383565/1‑148 (MQ=255) taTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGt < 1:387123/148‑1 (MQ=255) cacaATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa > 1:686571/1‑148 (MQ=255) cacaATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa > 1:593599/1‑148 (MQ=255) cacaATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa < 1:525440/148‑1 (MQ=255) cacaATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa < 1:3478737/148‑1 (MQ=255) aTTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACtat > 2:2065774/1‑148 (MQ=255) ttAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACtata < 1:2120011/148‑1 (MQ=255) aGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGt < 2:17385/148‑1 (MQ=255) gCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTg > 1:74240/1‑148 (MQ=255) gCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTg < 1:3371622/148‑1 (MQ=255) cATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTgg > 1:2593496/1‑148 (MQ=255) gCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTg < 1:58330/148‑1 (MQ=255) ctctGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTa > 2:2932895/1‑148 (MQ=255) ctctGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTa > 1:2914367/1‑148 (MQ=255) ctctGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTa > 2:858196/1‑148 (MQ=255) ctctGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTa > 2:3341451/1‑148 (MQ=255) ctGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTaca < 1:545563/148‑1 (MQ=255) gCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaaca < 1:2253294/148‑1 (MQ=255) gCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaaca > 2:1745773/1‑148 (MQ=255) gCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaaca < 1:3482013/148‑1 (MQ=255) cTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaacaa < 2:1549117/148‑1 (MQ=255) cTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaacaa > 1:1308072/1‑148 (MQ=255) cACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACAcc > 1:172293/1‑148 (MQ=255) cACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACAcc > 1:172210/1‑148 (MQ=255) ccTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCaa > 1:3503222/1‑148 (MQ=255) tctcAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATg < 2:2850123/148‑1 (MQ=255) ctcAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATgg < 2:1070573/148‑1 (MQ=255) tcAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGt > 1:1095079/1‑148 (MQ=255) tcAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGt > 1:2960498/1‑148 (MQ=255) cAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTg < 2:457350/148‑1 (MQ=255) aaTGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCg < 2:1216555/148‑1 (MQ=255) aTGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGa > 1:3068602/1‑148 (MQ=255) cagcaAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCa < 2:591229/148‑1 (MQ=255) cagcaAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCa < 2:590727/148‑1 (MQ=255) cagcaAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCa < 1:1805027/148‑1 (MQ=255) cTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCttt > 1:2493966/1‑148 (MQ=255) tATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTa < 2:3206579/148‑1 (MQ=255) aTGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTaa < 2:1049501/148‑1 (MQ=255) aTGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTaa < 2:3276237/148‑1 (MQ=255) tGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCCATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAAc > 2:614109/1‑148 (MQ=255) aCCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCg < 1:2063640/148‑1 (MQ=255) aCCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCg > 1:568944/1‑148 (MQ=255) ccTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGa > 1:1221978/1‑148 (MQ=255) ccTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACAAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGa > 1:2221745/1‑148 (MQ=255) cTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGAt < 1:2295899/148‑1 (MQ=255) tgtaattATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGTTTGGGATCATTTGGATATGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATTTAAACTATTGTGTTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATa < 1:329796/143‑1 (MQ=255) ggACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATAc > 2:2771524/1‑148 (MQ=255) aCTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCg > 2:2647477/1‑148 (MQ=255) cTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGt > 1:2236714/1‑148 (MQ=255) atatCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTaa > 2:3287766/1‑148 (MQ=255) atatCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTaa < 2:925773/148‑1 (MQ=255) tatCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAAc > 1:1481063/1‑148 (MQ=255) atCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACg > 2:93717/1‑148 (MQ=255) | GGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACG > CP009273/385671‑385959 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |