| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 614,726 | G→T | 100% | A339A (GCG→GCT) | fepE → | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 614,726 | 0 | G | T | 100.0% | 547.3 / ‑6.7 | 173 | A339A (GCG→GCT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (71/101); total (72/101) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGT > CP009273/614581‑614870 | ttGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTat < 2:1213252/148‑1 (MQ=255)ttGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTat > 2:3449037/1‑148 (MQ=255) gCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTatta < 1:1377454/148‑1 (MQ=255) gCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTatta < 1:3123219/148‑1 (MQ=255) gAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtg > 1:957803/1‑148 (MQ=255) gAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtg < 2:2911610/148‑1 (MQ=255) aaCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgt < 2:3196143/148‑1 (MQ=255) aCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgtg < 1:2373915/148‑1 (MQ=255) aCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgtg > 1:574177/1‑148 (MQ=255) 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ggTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCttt < 1:2624952/148‑1 (MQ=255) tttaaTTACGTAATCGGCTGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTTAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTc < 1:2530741/145‑1 (MQ=255) aTTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCcgcg < 1:3126588/148‑1 (MQ=255) aTTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCcgcg < 2:369608/148‑1 (MQ=255) ttACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGt < 2:2807149/148‑1 (MQ=255) 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ggCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGt > 1:76573/1‑148 (MQ=255) | TTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGT > CP009273/614581‑614870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |