| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 80,663 | A→T | 100% | intergenic (‑468/‑192) | leuL ← / → leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 80,663 | 0 | A | T | 97.4% | 604.4 / 4.6 | 189 | intergenic (‑468/‑192) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base T (112/72); total (115/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTC > CP009273/80518‑80806 | tattatTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGattttt > 1:159891/1‑148 (MQ=255) attattGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGAttttta > 1:1263301/1‑148 (MQ=255) attattGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGAttttta < 1:2742095/148‑1 (MQ=255) tCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTTTTATGCTGTgg < 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gATTTTTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTtctc > 2:1243343/1‑148 (MQ=255) | TATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTCAGGATTATTTCTC > CP009273/80518‑80806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |