Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 888,964 | C→T | 100% | intergenic (+75/‑276) | ybjN → / → potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 888,964 | 0 | C | T | 100.0% | 899.6 / NA | 275 | intergenic (+75/‑276) | ybjN/potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (119/156); total (119/156) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAG > CP009273/888820‑889108 | cATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTat > 2:655331/1‑147 (MQ=255) cATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTaa > 1:932654/1‑148 (MQ=255) cAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGa < 2:2946713/148‑1 (MQ=255) cAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGa > 2:2542190/1‑148 (MQ=255) cAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGa < 1:2789056/148‑1 (MQ=255) cAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGa < 1:2580966/148‑1 (MQ=255) aaCTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGat < 1:772307/148‑1 (MQ=255) aCTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCCAGCAGTCGAGGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGAAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatt < 1:2831883/148‑1 (MQ=255) ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatta < 2:1392581/148‑1 (MQ=255) tgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGattat < 2:2425139/148‑1 (MQ=255) tgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGattat < 1:678012/148‑1 (MQ=255) gctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGattatt > 1:1716292/1‑148 (MQ=255) ctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTAttt < 2:443907/148‑1 (MQ=255) tgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTc < 1:2989504/148‑1 (MQ=255) gTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCa < 2:3321285/148‑1 (MQ=255) aCCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACtt < 1:1320298/148‑1 (MQ=255) gACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTtctc < 2:2125829/148‑1 (MQ=255) gACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTtctc < 2:930728/148‑1 (MQ=255) cTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAGTTATCTGCTG‑TTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtg > 2:609428/1‑148 (MQ=255) tgatgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtg > 1:3079237/1‑148 (MQ=255) gatgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtgt > 1:597923/1‑148 (MQ=255) atgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtgtg > 1:1292897/1‑148 (MQ=255) atgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTTTCg > 2:3190966/1‑148 (MQ=255) tgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGa < 2:3447783/148‑1 (MQ=255) aaGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGAtt < 2:541679/148‑1 (MQ=255) gggCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAAGTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTg > 2:711582/1‑148 (MQ=255) gCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGc < 1:1015740/148‑1 (MQ=255) aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCtttt > 2:2067449/1‑147 (MQ=255) aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTa > 2:300327/1‑148 (MQ=255) caacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATc < 1:1849281/148‑1 (MQ=255) aacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATca < 1:729799/148‑1 (MQ=255) ccGTTACCGAAAACTCTTGCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcac < 2:1984163/147‑1 (MQ=255) acGTTACCTAAAAATATTTCCTCCAATTATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAAGATTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcac < 1:3119924/148‑1 (MQ=255) acGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcac < 1:422186/148‑1 (MQ=255) acGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATaac > 2:3104218/1‑148 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca < 2:153329/148‑1 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca < 1:575592/148‑1 (MQ=255) gTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACAt < 1:2401160/148‑1 (MQ=255) aCCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATaga < 1:706159/148‑1 (MQ=255) aaaaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCaa < 1:470923/148‑1 (MQ=255) aaaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCaaa > 1:1656223/1‑148 (MQ=255) aaaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCaaa > 2:344019/1‑148 (MQ=255) aaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTGTTAACCTTTTTTTAATGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTGTATCACATAGAGCAAat > 2:2676295/1‑148 (MQ=255) cTATTTCCTCCACTGAAAACTCCTTTCGAGCAAGCAGTAGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAATATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTGACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTGATAACAGAGAGGAAatat > 2:2517351/1‑148 (MQ=255) tATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATg < 2:2735190/148‑1 (MQ=255) tATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATg > 1:3176159/1‑148 (MQ=255) gaTTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATg < 2:1933205/147‑1 (MQ=255) aTTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTTGCTTTATCACATAGAGCAAATATGc > 1:785053/1‑148 (MQ=255) aTTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGc < 2:2356770/148‑1 (MQ=255) aTTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGc < 1:2879184/148‑1 (MQ=255) ttCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTAGTGTGTCGATTTGGGTTTATCACATAGAGCAAATATGCAt > 1:3311340/1‑148 (MQ=255) tccCCTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATaaaa < 2:2877461/148‑1 (MQ=255) tccACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATaaaa < 2:411975/148‑1 (MQ=255) cACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAAt < 2:3501237/148‑1 (MQ=255) 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aTTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTAt < 2:1115901/148‑1 (MQ=255) ttATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTAtt > 1:3021784/1‑148 (MQ=255) tATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTc > 2:2614865/1‑148 (MQ=255) tATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTc > 1:362579/1‑148 (MQ=255) tATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTc > 2:872918/1‑148 (MQ=255) aTCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCCAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCt > 1:1393531/1‑148 (MQ=255) aTCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCt < 1:733558/148‑1 (MQ=255) ctgctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTg < 1:951667/148‑1 (MQ=255) gctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCg > 1:1109493/1‑148 (MQ=255) ctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGa > 2:3309372/1‑148 (MQ=255) ttAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCttt < 2:2216935/148‑1 (MQ=255) | CCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAG > CP009273/888820‑889108 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |