Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,048,928 | C→A | 100% | E903* (GAA→TAA) | torS ← | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,048,928 | 0 | C | A | 100.0% | 674.7 / NA | 202 | E903* (GAA→TAA) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (104/98); total (104/98) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
CCGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGCTTTAT > CP009273/1048786‑1049072 | ccgcTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACagag < 1:2295796/148‑1 (MQ=255) ccAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCaa < 2:697742/148‑1 (MQ=255) ccAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCaa < 2:1254817/148‑1 (MQ=255) gggTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCGACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTg < 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ttCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATttc < 2:1392178/148‑1 (MQ=255) ctGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCg < 1:39456/148‑1 (MQ=255) ctGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCg < 1:1813085/148‑1 (MQ=255) cATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGtgtg > 2:941972/1‑148 (MQ=255) cATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGtgtg > 2:3124616/1‑148 (MQ=255) aTGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTgg > 1:890757/1‑148 (MQ=255) aTGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTgg > 1:1438531/1‑148 (MQ=255) aTGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTgg > 1:1413290/1‑148 (MQ=255) tGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGa > 2:2745448/1‑148 (MQ=255) gATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGaa > 2:2297679/1‑148 (MQ=255) 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ttGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAgggg < 1:1884983/148‑1 (MQ=255) ccAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGc < 2:126796/148‑1 (MQ=255) aGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAg < 1:926/148‑1 (MQ=255) aGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAg < 1:3003317/148‑1 (MQ=255) ccGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATa > 1:1535127/1‑148 (MQ=255) 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gTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGgctg < 1:1247834/148‑1 (MQ=255) gTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGgctgctg < 2:1140315/148‑1 (MQ=255) ataCCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGgctgctgct < 1:1161401/148‑1 (MQ=255) taCCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTc < 2:460399/148‑1 (MQ=255) aCCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGgctg > 2:1652751/1‑141 (MQ=255) 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ttCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAg > 1:66383/1‑148 (MQ=255) aGTTGTTCTTTACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGACCAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAgctgg > 2:2531095/1‑148 (MQ=255) ttgttCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAgctggct < 2:2590596/148‑1 (MQ=255) ttgttCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAgctggct > 1:2476601/1‑148 (MQ=255) ttCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCtggctggc > 1:132771/1‑148 (MQ=255) 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aTGCAACCATTCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGcgcg > 1:748669/1‑148 (MQ=255) tGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCgg < 2:2455339/148‑1 (MQ=255) gCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGc > 1:723517/1‑148 (MQ=255) aCCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACg < 2:2818229/148‑1 (MQ=255) ccATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGc > 2:596798/1‑148 (MQ=255) 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cTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGCTTTAt < 2:1598432/148‑1 (MQ=255) | CCGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGCTTTAT > CP009273/1048786‑1049072 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |