| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,118,591 | C→A | 93.6% | G47C (GGT→TGT) | yceB ← | lipoprotein, DUF1439 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,118,591 | 0 | C | A | 93.6% | 407.0 / 15.8 | 154 | G47C (GGT→TGT) | yceB | lipoprotein, DUF1439 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/5); new base A (54/88); total (60/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACC‑TTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGT > CP009273/1118446‑1118735 | tGGTCGATTTCTGACTACCGAACAGGGATTTCTTGTCCAGATTGGCGTCTCGGGTTTGGGTAACC‑TTTTTCGGCTCTTCGCTACAATTTTGGCTGGT‑CTGGTTTGTCATAACATTCTGGGCGACACCCACGCCGGGTAAACAGATATc < 1:131603/148‑1 (MQ=255) ggTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTAATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACC‑TTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAAAAGATATCt > 2:251114/1‑148 (MQ=255) ggTCGCTTTCTGACTAACGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTTGCGTCTCCCGTTAGGGTAAAC‑GTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTTGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAAAAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAAAAGATATCt > 2:1701738/1‑148 (MQ=255) 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aaCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGt < 2:3450972/148‑1 (MQ=255) | TTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACC‑TTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGT > CP009273/1118446‑1118735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |