Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,131,521 | C→A | 100% | Q168K (CAG→AAG) | flgH → | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,131,521 | 0 | C | A | 99.6% | 665.9 / ‑6.0 | 203 | Q168K (CAG→AAG) | flgH | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (69/133); minor base T (0/1); total (69/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG > CP009273/1131376‑1131665 | gCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGa < 1:1380950/148‑1 (MQ=255) cTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGAt > 2:738339/1‑148 (MQ=255) tCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGAtt < 2:3247097/148‑1 (MQ=255) cGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATCCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTg > 2:3444529/1‑148 (MQ=255) gTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGc < 2:2825562/148‑1 (MQ=255) tGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGcc < 1:1477196/148‑1 (MQ=255) tGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGcc < 2:1312835/148‑1 (MQ=255) gCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCa > 2:2601213/1‑148 (MQ=255) gCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCa < 2:1409702/148‑1 (MQ=255) ccGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCAt > 2:499387/1‑148 (MQ=255) cGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCAtt > 2:2501517/1‑148 (MQ=255) gATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTa < 1:141063/148‑1 (MQ=255) tGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAAt > 1:2278325/1‑148 (MQ=255) tCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCa < 2:2566971/148‑1 (MQ=255) 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ccGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGa < 1:2263041/148‑1 (MQ=255) ccGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGa < 1:3468405/148‑1 (MQ=255) tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGGGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAttt < 1:397556/148‑1 (MQ=255) tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAttt < 1:3176604/148‑1 (MQ=255) ggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTa < 1:3284790/148‑1 (MQ=255) gtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAt < 2:3081355/148‑1 (MQ=255) gtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAt > 2:1763880/1‑148 (MQ=255) gtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGGGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAt > 1:12938/1‑148 (MQ=255) acacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCg < 2:1389263/148‑1 (MQ=255) acacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCg < 1:2749172/148‑1 (MQ=255) cGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCtt < 1:2844712/148‑1 (MQ=255) gTTCAACGGAACGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtc < 2:712342/148‑1 (MQ=255) ttCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct < 1:3056431/148‑1 (MQ=255) ttCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct < 2:782644/148‑1 (MQ=255) ttCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct < 2:3028708/148‑1 (MQ=255) 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aGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGt > 1:2722068/1‑148 (MQ=255) ggCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTa < 1:69639/148‑1 (MQ=255) ggCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTa < 1:1846082/148‑1 (MQ=255) gCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTaa < 2:1199837/148‑1 (MQ=255) aTGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTAAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCAc < 1:1856206/148‑1 (MQ=255) tGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACt < 1:1116160/148‑1 (MQ=255) tGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACt < 1:2289553/148‑1 (MQ=255) gCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTa < 1:391760/148‑1 (MQ=255) ccAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTAt < 2:113783/148‑1 (MQ=255) cAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGc > 2:1059543/1‑148 (MQ=255) aTACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCgg > 1:3404861/1‑148 (MQ=255) aTACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCgg < 1:1262535/148‑1 (MQ=255) tACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTCCTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgc > 2:1808614/1‑148 (MQ=255) aCCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgca > 1:1358200/1‑148 (MQ=255) cTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgcagc > 2:900270/1‑148 (MQ=255) tttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgcagca < 1:2001225/148‑1 (MQ=255) ttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCaa < 2:3263524/148‑1 (MQ=255) gCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgt > 1:2138010/1‑148 (MQ=255) cACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgta > 1:1909560/1‑148 (MQ=255) cGTTGACGGTGCCGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGGGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgtacc < 1:2085146/148‑1 (MQ=255) 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gCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGt < 2:2993713/148‑1 (MQ=255) cAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTa > 2:3450317/1‑148 (MQ=255) ccTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGc > 1:1055796/1‑148 (MQ=255) ccTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGc > 2:190218/1‑148 (MQ=255) tGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCaa < 2:3219428/148‑1 (MQ=255) 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aaaaaaGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGaa > 2:2604331/1‑148 (MQ=255) | CGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG > CP009273/1131376‑1131665 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |