| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,140,834 | A→T | 90.2% | T147S (ACC→TCC) | rluC → | 23S rRNA pseudouridine(955,2504,2580) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,140,834 | 0 | A | T | 90.2% | 715.9 / 51.5 | 240 | T147S (ACC→TCC) | rluC | 23S rRNA pseudouridine(955,2504,2580) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/15); new base T (94/122); total (103/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
AGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTT > CP009273/1140689‑1140979 | aGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTcc < 1:3314710/148‑1 (MQ=255) gatgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCt > 1:3449962/1‑148 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGActcctc > 1:3422975/1‑148 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGActcctc < 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ccTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTg > 1:1434531/1‑148 (MQ=255) ccTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTg < 2:3159198/148‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTg > 1:276876/1‑148 (MQ=255) cTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGc < 2:2281577/148‑1 (MQ=255) tGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCCGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTGGGTCTGGTGCAGCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGGGTGTTGCt > 2:2520190/1‑148 (MQ=255) gTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTgg < 2:758146/148‑1 (MQ=255) cTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAg < 2:2561819/148‑1 (MQ=255) aTAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaa < 1:2787251/148‑1 (MQ=255) tAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaaa > 1:2091541/1‑148 (MQ=255) tAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaaa > 1:3447182/1‑148 (MQ=255) aaCCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGaaaaa > 2:2263071/1‑148 (MQ=255) ccTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAAc > 2:159281/1‑148 (MQ=255) cTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACg < 1:233450/148‑1 (MQ=255) cTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACg < 2:3111931/148‑1 (MQ=255) tCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCt < 2:1792643/148‑1 (MQ=255) ctgTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGTTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCg < 2:1342400/146‑1 (MQ=255) tACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGgcg > 2:1096517/1‑148 (MQ=255) tACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGgcg < 2:2827008/148‑1 (MQ=255) aCGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGgcgt < 2:244851/148‑1 (MQ=255) ggcggTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGgcgttg < 1:2078073/148‑1 (MQ=255) ggcggTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGCTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTAGgcggtg > 2:157808/1‑148 (MQ=255) gcggTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATAGTCTTGACCAGGACTCCTCAGGTGTTTTTCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGgcgttga > 1:1694029/1‑147 (MQ=255) gTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGgcgttgcgtt < 2:1452043/148‑1 (MQ=255) tACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTtc < 1:2241989/148‑1 (MQ=255) tACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTtc > 2:3340424/1‑148 (MQ=255) 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ggcAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATg < 1:2029224/148‑1 (MQ=255) aGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGGTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGc < 2:1120504/148‑1 (MQ=255) ggTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAAt < 2:695671/148‑1 (MQ=255) gTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAAtt < 2:2779235/148‑1 (MQ=255) tttAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGACCGGAAGCCCGGTTCATAGAACAGGTTCATCGACTTGAACGGGACAACACAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACTCTCTGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTa > 1:2854356/1‑148 (MQ=255) 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2:1431992/148‑1 (MQ=255) tCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGtt > 1:135500/1‑148 (MQ=255) cTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTc < 1:1887970/148‑1 (MQ=255) cTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTc > 2:1648289/1‑148 (MQ=255) tGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCaa < 2:401928/148‑1 (MQ=255) gACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAg < 2:3435751/148‑1 (MQ=255) 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AGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTT > CP009273/1140689‑1140979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |