| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,318,829 | G→T | 100% | E159* (GAA→TAA) | yciO → | putative RNA binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,318,829 | 0 | G | T | 96.8% | 715.2 / 11.3 | 234 | E159* (GAA→TAA) | yciO | putative RNA binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/5); new base T (112/114); total (115/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAATTAAAGATCGTCTGGAAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTAT > CP009273/1318684‑1318973 | tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaataa < 1:2995670/148‑1 (MQ=255)tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaagaa > 1:116129/1‑148 (MQ=255)tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGATGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaataa > 2:2979751/1‑148 (MQ=255) cTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATaaa > 1:2216151/1‑148 (MQ=255) cTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATaaa < 2:277841/148‑1 (MQ=255) cTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATaaa < 1:909553/148‑1 (MQ=255) cTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATaaa < 2:79154/148‑1 (MQ=255) cAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATAAATTAAAg < 2:1789934/148‑1 (MQ=255) ggAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATAAATTAAAGAt < 1:2615041/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |