Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,461,872 | G→T | 92.2% | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,461,872 | 0 | G | T | 92.2% | 586.0 / 38.2 | 215 | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/5); new base T (96/101); total (108/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGGTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCGATGGCAATACCGTTAATATGAATGGTGGACTTGAACTGATTGGAGAGAAAAACGCGCTTGCAGATGGGTCGCAGGTTACTTCCTTGCGCACAGGATATAGTTATACCAGCGTTATTGTCGTTAGTGGTGAGTCGTCGGTATAT > CP009273/1461730‑1462015 | gTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTATCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCaa < 1:2214056/148‑1 (MQ=255) tCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATAc < 1:205078/148‑1 (MQ=255) cAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATAcc > 1:3299304/1‑148 (MQ=255) aCGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTGATGGCAGCGCAGAGAAAACGTCAGGTCTGGTTGTGATTGGCTATGGCAATACCGt < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |