| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,469,880 | A→T | 100% | I160I (ATA→ATT) | ydbD → | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,469,880 | 0 | A | T | 92.2% | 747.7 / 39.9 | 242 | I160I (ATA→ATT) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/8); new base T (104/119); total (115/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATGCATATTATTGGGGGCTAATT > CP009273/1469735‑1470024 | tctcGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATtttt < 1:171163/148‑1 (MQ=255) tcGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTAt < 1:2942040/148‑1 (MQ=255) cGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATc > 2:1184893/1‑148 (MQ=255) cGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATc > 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2:3154589/1‑148 (MQ=255) aTTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATc > 2:3367852/1‑148 (MQ=255) ttAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATcc > 1:304760/1‑148 (MQ=255) aaGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTg < 2:2287028/148‑1 (MQ=255) aGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGACATAATTGAACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGTGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGa < 1:1695046/148‑1 (MQ=255) gggAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATg > 2:1083007/1‑148 (MQ=255) 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TTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATGCATATTATTGGGGGCTAATT > CP009273/1469735‑1470024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |