Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,570,826 | C→A | 100% | D351Y (GAC→TAC) | yddB ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,570,826 | 0 | C | A | 98.1% | 664.2 / 3.0 | 208 | D351Y (GAC→TAC) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (107/97); total (109/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
ACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGT > CP009273/1570681‑1570970 | aCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAAt > 1:1703879/1‑148 (MQ=255) ttACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGAt < 2:1955704/148‑1 (MQ=255) ttACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGAt < 1:520581/148‑1 (MQ=255) ttACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGAt < 2:453068/148‑1 (MQ=255) tACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATc < 2:323849/148‑1 (MQ=255) tACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATc < 2:2262926/148‑1 (MQ=255) aCCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCg > 1:861522/1‑148 (MQ=255) aCGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGAc < 1:1514141/148‑1 (MQ=255) cGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACg < 2:1901561/148‑1 (MQ=255) 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tttGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCccaacca > 2:584064/1‑148 (MQ=255) ttGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCccaaccaa < 2:2012396/148‑1 (MQ=255) tGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCcaaccaac > 2:1158082/1‑148 (MQ=255) aaGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACgg < 1:581525/148‑1 (MQ=255) ggTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCGGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACggtg > 1:2872986/1‑148 (MQ=255) 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cTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGttt > 1:3086446/1‑148 (MQ=255) cTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCGGTAATATCACCCGATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGttt > 1:3447868/1‑148 (MQ=255) aGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGcc < 1:2271308/148‑1 (MQ=255) ccTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCa < 1:3319686/148‑1 (MQ=255) gggAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGc > 2:2741134/1‑148 (MQ=255) 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cATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGAt < 1:2041237/148‑1 (MQ=255) cATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGAt < 1:1305155/148‑1 (MQ=255) tGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCa > 1:3171024/1‑148 (MQ=255) tGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCa > 1:703050/1‑148 (MQ=255) aGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACt > 1:3116738/1‑148 (MQ=255) gTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTg < 1:2107181/148‑1 (MQ=255) gTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTg < 2:1189572/148‑1 (MQ=255) tCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCg > 1:1597645/1‑148 (MQ=255) ggTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCggg < 1:1856281/148‑1 (MQ=255) gtgtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGa > 2:1507346/1‑148 (MQ=255) tACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAgg > 1:401441/1‑148 (MQ=255) tACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCGGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAgg < 2:2553278/148‑1 (MQ=255) ccAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTg < 2:704568/148‑1 (MQ=255) acAGATGTAATGATCGTGTCGGTTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGGAGTTTGGCACATTCGAGCGGCTTATCCATTTCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGATGGTAGGTg < 2:2792894/147‑1 (MQ=255) gATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTg > 2:191615/1‑148 (MQ=255) tGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGt < 1:2782123/148‑1 (MQ=255) | ACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGT > CP009273/1570681‑1570970 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |