Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,659,882 | C→A | 93.4% | S104* (TCG→TAG) | clcB → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,659,882 | 0 | C | A | 93.4% | 558.4 / 30.6 | 198 | S104* (TCG→TAG) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/4); new base A (101/83); total (110/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGG > CP009273/1659737‑1660024 | cTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCt > 1:1458677/1‑148 (MQ=255) ggCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGcc < 1:585670/148‑1 (MQ=255) gcgcTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCct < 2:940378/148‑1 (MQ=255) gcgcTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCct > 2:2831466/1‑148 (MQ=255) gcTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCctct < 2:840434/148‑1 (MQ=255) cTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCctctc < 2:1741880/148‑1 (MQ=255) cTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCctctc < 1:1821994/148‑1 (MQ=255) cggcggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTctg < 1:2210748/148‑1 (MQ=255) ggcggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTctgc < 2:1836995/148‑1 (MQ=255) ggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTgg < 1:1254410/148‑1 (MQ=255) cggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAAc < 1:895743/148‑1 (MQ=255) gTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCgg > 2:1595155/1‑148 (MQ=255) tttGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGc > 1:2848775/1‑148 (MQ=255) tttGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGc > 1:1097088/1‑148 (MQ=255) 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aCCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgatga > 1:3009846/1‑148 (MQ=255) caacaaCGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTc > 1:684691/1‑148 (MQ=255) acaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCtt < 2:1786344/148‑1 (MQ=255) acaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCtt < 2:422770/148‑1 (MQ=255) acGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTa > 1:1011254/1‑148 (MQ=255) 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ccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAATGTGCGATGATTCTTTTAGCTg > 1:177662/1‑148 (MQ=255) ccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCtt > 2:2506046/1‑147 (MQ=255) ccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTg > 1:3301992/1‑148 (MQ=255) cTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGc < 2:1069367/148‑1 (MQ=255) cTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGc > 2:3468458/1‑148 (MQ=255) 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aCGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAAtt < 2:160001/148‑1 (MQ=255) aCGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAAtt < 2:814577/148‑1 (MQ=255) cGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTa < 1:999079/148‑1 (MQ=255) cGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTa > 1:1123357/1‑148 (MQ=255) cagcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATg > 2:1515942/1‑148 (MQ=255) cagcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATg > 2:2631859/1‑148 (MQ=255) agcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATgg < 1:3362630/148‑1 (MQ=255) gcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGa < 1:1143185/148‑1 (MQ=255) gcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGa < 1:1143199/148‑1 (MQ=255) gcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGa < 1:2228575/148‑1 (MQ=255) gcaAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTGTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGGTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTCTGGa > 2:992568/1‑148 (MQ=255) caAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGAt > 1:2181666/1‑148 (MQ=255) caAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGAt < 2:3021510/148‑1 (MQ=255) caAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGAt > 1:830305/1‑148 (MQ=255) caAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGAt > 2:1876037/1‑148 (MQ=255) 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tAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCTATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTggg > 1:232063/1‑148 (MQ=255) | ACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGG > CP009273/1659737‑1660024 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |