Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,735,082 | G→T | 100% | V305V (GTG→GTT) | ydhC → | putative arabinose efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,735,082 | 0 | G | T | 95.0% | 656.2 / 22.8 | 222 | V305V (GTG→GTT) | ydhC | putative arabinose efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/4); new base T (102/108); total (110/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGC > CP009273/1734935‑1735227 | gCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTAt < 1:3269973/148‑1 (MQ=255) cTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATg > 1:1674722/1‑148 (MQ=255) tGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATgg < 1:1600986/148‑1 (MQ=255) tCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCg < 2:2855964/148‑1 (MQ=255) cgcgccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGa < 2:1240604/148‑1 (MQ=255) gccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTg < 2:146839/148‑1 (MQ=255) ccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGc < 2:1917080/148‑1 (MQ=255) ccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGc > 2:3350097/1‑148 (MQ=255) ccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGc < 2:698696/148‑1 (MQ=255) ccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGc < 2:698978/148‑1 (MQ=255) cgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCaa < 2:789536/148‑1 (MQ=255) gcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAAt < 1:2084511/148‑1 (MQ=255) gcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAAt < 2:2791924/148‑1 (MQ=255) cTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATg < 1:1502374/148‑1 (MQ=255) tGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATgg < 1:3411756/148‑1 (MQ=255) cAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGgcg > 2:2096361/1‑148 (MQ=255) cAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGgcg > 1:2189214/1‑148 (MQ=255) aaaTGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGa > 2:308921/1‑148 (MQ=255) aaTGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGAt < 1:2278502/148‑1 (MQ=255) tGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCt > 2:2737843/1‑148 (MQ=255) tGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCt > 2:1774225/1‑148 (MQ=255) ggcaagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGTGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTa < 1:283718/148‑1 (MQ=255) ggcaagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTa > 2:3392615/1‑148 (MQ=255) ggcaagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTa > 2:2548208/1‑148 (MQ=255) aagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTAttg < 1:1030306/148‑1 (MQ=255) aagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTAttg < 2:2640978/148‑1 (MQ=255) gCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTAttgtt > 2:3451811/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTAttgttg > 1:1842889/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTAttgttg > 1:2489715/1‑148 (MQ=255) ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCg > 1:1236596/1‑148 (MQ=255) attaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGcc > 2:2883582/1‑148 (MQ=255) aCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAg < 2:3044256/148‑1 (MQ=255) gTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGgcg < 1:60658/148‑1 (MQ=255) gTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGgcg < 1:2580950/148‑1 (MQ=255) gTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGgcg > 2:2901596/1‑148 (MQ=255) tGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGgcgc > 2:2383940/1‑148 (MQ=255) gTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTg < 1:1848087/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTccc < 2:3263985/148‑1 (MQ=255) tGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTccc < 2:202294/148‑1 (MQ=255) tGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTccc < 2:201939/148‑1 (MQ=255) tCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAAc > 1:221930/1‑148 (MQ=255) aGCGTCATAGCGACCTGGGCTGCGGGAATCATTAGCCAACATTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTAATGGCCATTGCCAATGGCGCGATCTACACTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCTTCCCTTACCACACGCAACTg > 2:3502888/1‑148 (MQ=255) gCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTgg < 1:3204342/148‑1 (MQ=255) gCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTgg < 2:2104995/148‑1 (MQ=255) tCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTcg > 1:2558576/1‑148 (MQ=255) tCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTcg > 1:945598/1‑148 (MQ=255) aCCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAg < 1:613663/148‑1 (MQ=255) ccTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCTCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGc > 1:1935847/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCTCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGc > 1:2334256/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGc > 2:2553695/1‑148 (MQ=255) cTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCg < 2:1888028/148‑1 (MQ=255) tGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGt < 1:284826/148‑1 (MQ=255) tGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGt > 2:811053/1‑148 (MQ=255) ggCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTg < 2:1789303/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTg > 1:803213/1‑148 (MQ=255) gggCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGCTCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAac < 2:1711845/148‑1 (MQ=255) ggCTTCATTAGCCATGTGTCGCTTGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCTCACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAaca < 2:3265221/148‑1 (MQ=255) ggCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAaca < 2:3098572/148‑1 (MQ=255) gCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAacac > 2:212392/1‑148 (MQ=255) ttCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACActc > 2:3134281/1‑148 (MQ=255) ttCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACActc < 1:749753/148‑1 (MQ=255) tCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACActct > 2:1345024/1‑148 (MQ=255) aTTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTc < 2:1107302/148‑1 (MQ=255) gCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACt < 1:2855354/148‑1 (MQ=255) ccATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTg > 1:2407383/1‑148 (MQ=255) aTGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTggg < 1:725003/148‑1 (MQ=255) gtgtCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTc > 2:1040575/1‑148 (MQ=255) tgtCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCt > 1:3073207/1‑148 (MQ=255) cGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCtgtg < 2:2157155/148‑1 (MQ=255) cGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCtgtg < 1:2028723/148‑1 (MQ=255) gCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGc < 2:1842933/148‑1 (MQ=255) gCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGc < 2:804425/148‑1 (MQ=255) gTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTcc > 1:1001295/1‑148 (MQ=255) gTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTcc > 2:2824605/1‑148 (MQ=255) cGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAAc < 1:247631/131‑1 (MQ=255) cGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAAc > 2:247631/1‑131 (MQ=255) aaTCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCa > 1:62432/1‑148 (MQ=255) aaTCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCa < 2:423930/148‑1 (MQ=255) aTCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCaa > 1:2410601/1‑148 (MQ=255) tCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAg > 1:3304442/1‑148 (MQ=255) tCCTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAg > 1:659409/1‑148 (MQ=255) ccTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGt > 2:1807881/1‑148 (MQ=255) cTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTc < 2:2489715/148‑1 (MQ=255) cTGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTc < 2:727238/148‑1 (MQ=255) tGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCt > 2:2946210/1‑148 (MQ=255) tGATCCCATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCt > 1:1669329/1‑148 (MQ=255) cccATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTa > 1:2892178/1‑148 (MQ=255) cccATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTa < 2:2334256/148‑1 (MQ=255) cccATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTa > 1:663121/1‑148 (MQ=255) cccATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTa < 2:1935847/148‑1 (MQ=255) cATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGt > 1:2832337/1‑148 (MQ=255) cATTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGt > 1:1037757/1‑148 (MQ=255) aTTCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGtt > 2:2899808/1‑148 (MQ=255) ttCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGttt > 2:2274414/1‑148 (MQ=255) tCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTc > 1:3248927/1‑148 (MQ=255) tCTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTc < 1:2291103/148‑1 (MQ=255) cTGTGTTATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTcc < 2:743255/148‑1 (MQ=255) cTGTGTGATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTcc < 2:2412834/148‑1 (MQ=255) tgttATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTgg < 2:1871218/148‑1 (MQ=255) gtgATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGc < 1:3038681/148‑1 (MQ=255) | TGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAATGGCGCGATCTACCCTATTGTTGTCGCCCAGGCGCTGCGTCCCTTCCCACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGC > CP009273/1734935‑1735227 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |