| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,738,733 | C→A | 5.1% | I340I (ATC→ATA) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,738,733 | 0 | C | A | 5.1% | 864.0 / 13.3 | 224 | I340I (ATC→ATA) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (92/120); new base A (4/8); total (96/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCATTTT > CP009273/1738586‑1738876 | ggcggcAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATc > 1:1308547/1‑148 (MQ=255) ggcAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGcc < 1:54273/148‑1 (MQ=255) gcAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGccc < 2:1854863/148‑1 (MQ=255) aGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCtg < 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cTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACaa < 2:828650/148‑1 (MQ=255) aTCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACg > 1:2480521/1‑148 (MQ=255) aTCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACg < 1:2925495/148‑1 (MQ=255) aTCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACg < 2:2697563/148‑1 (MQ=255) tCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGa > 1:164867/1‑148 (MQ=255) 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aaaTCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCAtttt < 1:1008289/148‑1 (MQ=255) | GGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCATTTT > CP009273/1738586‑1738876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |