Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,818,738 | C→A | 94.3% | D153Y (GAC→TAC) | ves ← | cold‑ and stress‑inducible protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,818,738 | 0 | C | A | 94.3% | 498.5 / 19.7 | 176 | D153Y (GAC→TAC) | ves | cold‑ and stress‑inducible protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/6); new base A (100/66); total (104/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATC > CP009273/1818594‑1818882 | ccGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGt < 2:2769724/148‑1 (MQ=255) gctgctTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAATGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAg < 2:2885138/148‑1 (MQ=255) gctgctTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAg < 2:1135041/148‑1 (MQ=255) ctgctTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGTAGt > 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aTCGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAgg < 1:2937223/148‑1 (MQ=255) tCGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGc > 1:212027/1‑148 (MQ=255) cGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCg > 2:260608/1‑148 (MQ=255) cGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCg > 2:267169/1‑148 (MQ=255) cGAACCAGCACGCGCCCTGGTAGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCg > 2:3498823/1‑148 (MQ=255) 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ccTGGTAGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCGTGTCATGATGTTGaa > 1:631228/1‑148 (MQ=255) | CCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTATCGCCCAGTTGCCACGCCCCGTTAATCACAAACACCACCCCGCCGCGTGAGCCAAAGGTAGTAAACGTACGTTCGGCAATTCTGACTTTCGCCTTACAGACATCCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATC > CP009273/1818594‑1818882 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |