| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,875,096 | G→T | 100% | intergenic (‑80/+47) | leuE ← / ← dmlR | leucine efflux protein/transcriptional activator of dmlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,875,096 | 0 | G | T | 99.6% | 741.0 / ‑4.3 | 224 | intergenic (‑80/+47) | leuE/dmlR | leucine efflux protein/transcriptional activator of dmlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (112/111); total (113/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTG > CP009273/1874951‑1875240 | cAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATaa > 2:1680366/1‑148 (MQ=255) aaCACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATaaa < 1:1926035/148‑1 (MQ=255) aaCACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATaaa < 1:151552/148‑1 (MQ=255) cacaATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAAt > 1:3212276/1‑148 (MQ=255) ctaTACAAATGGCCCCAACAAGATAGGTCCAGTAATTCAGATCCCCGTATTCAGCTAACACATTATCCTGTTTAATTATCTTTGGATCATGCGAGTTTAATGTTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGTAAGGATAAAATCa < 2:1581575/146‑1 (MQ=255) caATAAAAATGGCCCAAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCa < 2:3066550/148‑1 (MQ=255) aaTAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAg < 2:65564/148‑1 (MQ=255) tAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGt < 1:1795870/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGtt < 1:1434888/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGtt < 2:609431/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGtt > 2:390707/1‑148 (MQ=255) aaTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTa < 2:1847521/148‑1 (MQ=255) tGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAAc < 1:1617984/148‑1 (MQ=255) ggCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAAcc > 2:2765538/1‑148 (MQ=255) ccccAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTg < 1:160727/148‑1 (MQ=255) ccccAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTg < 2:2516442/148‑1 (MQ=255) aaCCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGatat < 1:2174529/148‑1 (MQ=255) cAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCaa < 1:1104920/148‑1 (MQ=255) gATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAAACTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATAAGGATTTAACAAGAAATCAAcc > 1:1954265/1‑148 (MQ=255) tAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCg < 2:2601779/148‑1 (MQ=255) aGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGa < 2:3279892/148‑1 (MQ=255) gTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATa < 1:1200876/148‑1 (MQ=255) gTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATa < 1:62564/148‑1 (MQ=255) gTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATa > 2:957887/1‑148 (MQ=255) tCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATaa < 1:1103194/148‑1 (MQ=255) gTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGa < 2:845873/148‑1 (MQ=255) tAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGaa > 1:959927/1‑148 (MQ=255) tCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCAt > 2:3199993/1‑148 (MQ=255) gAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAATGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTaa < 2:2484962/148‑1 (MQ=255) aaCCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAAt < 2:728039/148‑1 (MQ=255) aaCCACGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAAt > 2:3343735/1‑148 (MQ=255) aCCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATc > 1:1000795/1‑148 (MQ=255) ccccGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCa < 1:2350606/148‑1 (MQ=255) cccGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAg > 1:272295/1‑148 (MQ=255) ccGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTAACTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAgg > 1:145446/1‑148 (MQ=255) cGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGc < 2:1434396/148‑1 (MQ=255) cGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGc < 1:86494/148‑1 (MQ=255) tATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCAt < 1:7786/148‑1 (MQ=255) aTTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTACCCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATg < 1:3062829/148‑1 (MQ=255) gCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGTGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCa < 2:2744705/148‑1 (MQ=255) aaCACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTg > 1:2320356/1‑148 (MQ=255) cacaTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaa > 2:2229745/1‑148 (MQ=255) acaTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaa > 1:3240104/1‑148 (MQ=255) aTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaaaa > 1:358899/1‑148 (MQ=255) aTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaaaa > 2:2984785/1‑148 (MQ=255) ttAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAt < 1:3223401/148‑1 (MQ=255) ttAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAt < 1:1743269/148‑1 (MQ=255) tAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAtt > 2:2054451/1‑148 (MQ=255) tctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGt < 1:3108531/148‑1 (MQ=255) tctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGt < 2:2846510/148‑1 (MQ=255) tctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGt > 2:1315102/1‑148 (MQ=255) ctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTa > 2:202759/1‑148 (MQ=255) ctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTa > 1:3357033/1‑148 (MQ=255) aTTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCt > 2:1236089/1‑148 (MQ=255) aTCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCgg < 1:1763811/148‑1 (MQ=255) aTCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCgg < 2:491228/148‑1 (MQ=255) cTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCa > 2:2215653/1‑148 (MQ=255) tttCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCaa < 2:2976457/148‑1 (MQ=255) tCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCaaaa > 2:1326591/1‑148 (MQ=255) cGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAAt < 2:2918241/148‑1 (MQ=255) cGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAAt < 2:1167640/148‑1 (MQ=255) cGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAAt > 1:1645220/1‑148 (MQ=255) gATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATa > 1:2813691/1‑148 (MQ=255) aTCCTGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGTATAAACTCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATAc < 2:1130148/148‑1 (MQ=255) aTCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATAc < 1:533334/148‑1 (MQ=255) aTCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATAc < 1:533359/148‑1 (MQ=255) aTCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATAc < 1:867384/148‑1 (MQ=255) tCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACt > 2:1790956/1‑148 (MQ=255) tCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACt > 1:2051506/1‑148 (MQ=255) tCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACt > 2:513846/1‑148 (MQ=255) cATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTg > 1:2434426/1‑148 (MQ=255) aTGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTgg < 1:3396812/148‑1 (MQ=255) ttAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTaaaaa < 1:304222/148‑1 (MQ=255) aaaGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAAtt < 1:2909603/148‑1 (MQ=255) aaGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTc < 2:361191/148‑1 (MQ=255) ggTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTa < 2:1019182/148‑1 (MQ=255) gTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTAc < 1:717210/148‑1 (MQ=255) gTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTAc < 2:1000795/148‑1 (MQ=255) tGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTAcc > 2:317490/1‑148 (MQ=255) gAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCg > 1:1194517/1‑148 (MQ=255) tatGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTa < 2:427629/148‑1 (MQ=255) tAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGc > 1:65055/1‑148 (MQ=255) aaCCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCAGCa > 2:2394293/1‑148 (MQ=255) aCCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCAc > 1:3099817/1‑148 (MQ=255) aCCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCAc < 1:1316473/148‑1 (MQ=255) aCCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCAc > 2:2446484/1‑148 (MQ=255) aaTCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACttt < 2:1667574/148‑1 (MQ=255) tCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTCTCCGCACTGTCg > 2:1384759/1‑148 (MQ=255) cTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGc < 1:2118371/148‑1 (MQ=255) gTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTg > 1:3331451/1‑148 (MQ=255) cGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGt > 2:55260/1‑148 (MQ=255) cGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTATACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGt > 2:3000520/1‑148 (MQ=255) tAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCa > 1:186817/1‑148 (MQ=255) tAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCa > 1:3345340/1‑148 (MQ=255) aaaGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGcc > 2:2266924/1‑148 (MQ=255) aaaGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGcc > 1:2672772/1‑148 (MQ=255) aaGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCt < 1:1249279/148‑1 (MQ=255) aaGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCt > 1:2584419/1‑148 (MQ=255) aGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCtt > 2:2257218/1‑148 (MQ=255) ggATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTg > 2:892146/1‑148 (MQ=255) | CAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTG > CP009273/1874951‑1875240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |