Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,940,498 | G→T | 100% | intergenic (‑61/‑10) | yobI ← / → yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,940,498 | 0 | G | T | 98.6% | 664.5 / 0.5 | 208 | intergenic (‑61/‑10) | yobI/yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (118/87); total (119/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAC > CP009273/1940353‑1940642 | gTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTaa < 1:1900041/148‑1 (MQ=255) tataATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAAt > 2:1721676/1‑148 (MQ=255) taATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGa < 1:143112/148‑1 (MQ=255) aTTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACa < 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aTGTAATGACAAAGTGAATATTAATTACCCAGCTGAATATGAAATTGGAGATATCTTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTTCTGGAGTAATCACTTCGGGATCATTATCGGTCATAAc > 1:2527569/1‑148 (MQ=255) | GTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAC > CP009273/1940353‑1940642 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |