| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,993,530 | C→A | 100% | E113* (GAG→TAG) | fliY ← | cystine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,993,530 | 0 | C | A | 98.2% | 686.8 / 1.7 | 214 | E113* (GAG→TAG) | fliY | cystine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base A (109/101); total (110/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TCATAGTTGGTGCCCAGACCGACCCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTCATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGTTGGGCAAATTCCACTTCAAAAC > CP009273/1993385‑1993673 | tCATAGTTGGTGCCCAGACCGACCCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCtaat > 2:1043772/1‑148 (MQ=255) tAGTTGGTGCCCAGACCGACCCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAg > 2:253883/1‑148 (MQ=255) aGTTGGTGCCCAGACCGACCCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGa > 2:1687404/1‑148 (MQ=255) ttGGTGCCCAGACCGACCCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGaaa < 2:3242588/148‑1 (MQ=255) accgaccCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGa > 1:3204911/1‑148 (MQ=255) accgaccCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGa < 1:1286213/148‑1 (MQ=255) accgaccCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGa < 1:2102204/148‑1 (MQ=255) ccgaccCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGAt > 1:1278094/1‑148 (MQ=255) ccgaccCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGAt > 1:2862759/1‑148 (MQ=255) accCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTaa < 2:1494693/148‑1 (MQ=255) acacccACTTTTTTGCCTTTCAGATAATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTaa > 2:3167671/4‑148 (MQ=255) cccccACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAAt < 2:248547/148‑1 (MQ=255) cccACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATca > 1:646052/1‑148 (MQ=255) ccACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcac < 1:429587/148‑1 (MQ=255) ccACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcac > 2:146201/1‑148 (MQ=255) ccACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcac < 1:326531/148‑1 (MQ=255) ccACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcac < 1:432139/148‑1 (MQ=255) cACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcacc < 2:196692/148‑1 (MQ=255) aCTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcacca > 2:2478455/1‑148 (MQ=255) cTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATcaccac > 1:2617457/1‑148 (MQ=255) ttGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCaa < 2:39157/148‑1 (MQ=255) ttGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCaa < 2:3450252/148‑1 (MQ=255) tGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGNTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAAt < 1:1785755/148‑1 (MQ=255) cTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACg > 2:735160/1‑148 (MQ=255) tttCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGt > 2:2526662/1‑148 (MQ=255) tttCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGt > 2:2526641/1‑148 (MQ=255) tttCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGt < 1:2704189/148‑1 (MQ=255) ttCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGtt < 2:340801/148‑1 (MQ=255) ttCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGtt < 2:1665111/148‑1 (MQ=255) gATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTaga > 2:1627066/1‑148 (MQ=255) gATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTaga > 1:3380085/1‑148 (MQ=255) gATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTaga < 2:1211265/148‑1 (MQ=255) atcatcGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTagag > 1:3412166/1‑148 (MQ=255) tcatcGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGt > 1:3097140/1‑148 (MQ=255) catcGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTc > 1:2916727/1‑148 (MQ=255) cGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAg > 2:1012821/1‑148 (MQ=255) ggCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGc < 2:3247288/148‑1 (MQ=255) cTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTCATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGa > 2:2091911/1‑148 (MQ=255) tGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGt < 1:3502650/133‑1 (MQ=255) gTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACg < 2:3261971/148‑1 (MQ=255) ttttAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGc > 2:367130/1‑148 (MQ=255) tttAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGcc < 1:1905679/148‑1 (MQ=255) tttAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGcc > 1:1314008/1‑148 (MQ=255) tttAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGAGCCTGATTACCTTAAATGGTGTACGTGGTTGATAAATCTTATTTTTTCTTGCGCTAATCTGAATTGGTTACATGATTAATCACCACATCATTACGTTTAGTGTCCAGCGACGcc < 1:922864/148‑1 (MQ=255) ggTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATa < 1:2889063/148‑1 (MQ=255) ccTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGt < 1:24837/148‑1 (MQ=255) ttCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTcc > 2:691170/1‑148 (MQ=255) ttCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTcc > 1:9597/1‑148 (MQ=255) tCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTccc < 2:2022022/148‑1 (MQ=255) ttACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCAtt < 1:729021/148‑1 (MQ=255) aCCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTg > 2:1878705/1‑148 (MQ=255) ccTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCAGTTgg > 2:2865154/1‑148 (MQ=255) tttttCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCg > 2:1068999/1‑148 (MQ=255) ttttCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCgg < 2:523472/148‑1 (MQ=255) ttCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGtt > 2:1068862/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAg > 2:1182229/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAg < 2:3341581/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAg > 1:2065691/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAg < 1:1158931/148‑1 (MQ=255) aGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTg < 2:622155/148‑1 (MQ=255) cgcCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGAc < 2:2854344/148‑1 (MQ=255) cTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGcc > 2:2453254/1‑148 (MQ=255) tGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCt > 1:1667478/1‑148 (MQ=255) aaTACCACAAATGGTGTACGGGGTTTAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATATGGTCGGTGTTAGTGACGCCTCa > 2:3475708/1‑148 (MQ=255) aTACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCaa > 2:3404355/1‑148 (MQ=255) aTACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCaa > 2:370535/1‑148 (MQ=255) aCCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACg > 2:2720462/1‑148 (MQ=255) gAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCaa > 1:577758/1‑148 (MQ=255) aaaTGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACTCCAAg > 2:2830504/1‑148 (MQ=255) aaaTGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAg > 2:714801/1‑148 (MQ=255) ggTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGt < 1:1854315/148‑1 (MQ=255) gtgtACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGtt < 1:2707171/148‑1 (MQ=255) gtgtACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGtt < 1:253883/148‑1 (MQ=255) gtACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGtttt < 1:2187717/148‑1 (MQ=255) tACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTg < 2:2251149/148‑1 (MQ=255) aCGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATANCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGc < 2:79671/148‑1 (MQ=255) ggggTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCa > 1:2094029/1‑148 (MQ=255) ggTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGc < 1:2041455/148‑1 (MQ=255) gTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCt < 1:1627066/148‑1 (MQ=255) 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gagaAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGtt < 2:1278094/148‑1 (MQ=255) gagaAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGtt < 2:3078064/148‑1 (MQ=255) gagaAATCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGtt < 2:1295720/148‑1 (MQ=255) aaaTCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGTTggg > 1:2554791/1‑148 (MQ=255) aaaTCGTATTTTTTCTTGCGCTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGTTggg > 1:797776/1‑148 (MQ=255) 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cgcTAATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGTTGGGCAAATTCCACTTCAAAAc > 1:3021183/1‑148 (MQ=255) | TCATAGTTGGTGCCCAGACCGACCCCCACTTTTTTGCCTTTCAGATCATCGGCTGTTTTAATGGTGCCTTCGTTACCTTTTTTCACCAGCGCCTGAATACCAGAAATGGTGTACGGGGTTGAGAAATCGTATTTTTTCTTGCGCTCATCAGAAATGGTGACCTGATTAATCACCACATCAATACGTTTAGAGTCCAGCGACGCCAGCATACCGTCCCATTTGGTCGGTTTTAGTGACGCCTCAACGCCAAGATGTTTTGCCAGCTGTTGGGCAAATTCCACTTCAAAAC > CP009273/1993385‑1993673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |