| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,997,314 | 0 | G | T | 98.9% | 584.2 / ‑2.8 | 184 | intergenic (‑227/‑39) | fliC/fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAA > CP009273/1997170‑1997456 | tCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCg > 2:388397/1‑148 (MQ=255) tCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCg > 2:185611/1‑148 (MQ=255) gTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGtt < 1:1842633/148‑1 (MQ=255) gTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGtt < 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acCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACgtgt > 2:3417914/1‑148 (MQ=255) acCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACgtgt > 2:2209393/1‑148 (MQ=255) ttAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCgta > 2:3195749/1‑146 (MQ=255) ttAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGaa < 1:1213045/148‑1 (MQ=255) ttAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACATTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGGATTCGTTGTACGTGTCGaa > 2:3195726/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |