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| * | CP009273 | 2,067,908 | 0 | T | A | 92.4% | 555.9 / 29.7 | 183 | V963V (GTT→GTA) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
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Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCACCCTG > CP009273/2067761‑2068052 | tGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCATAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGtt > 1:834679/1‑148 (MQ=255) cacaACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTAAt < 2:2235284/148‑1 (MQ=255) acaacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTAATc < 1:2011886/148‑1 (MQ=255) caacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTAATcc > 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cTGGTGGGTACAGCCTTCTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTc < 1:3108445/148‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTACAGCCTTCTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTc > 1:2409761/1‑148 (MQ=255) tACAGCCTTCTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGaaaa > 2:3494542/1‑148 (MQ=255) gCCTTCTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATc < 2:2973836/148‑1 (MQ=255) gCCTTCTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATc > 2:1785621/1‑148 (MQ=255) ccTTCTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCa < 2:1702992/148‑1 (MQ=255) cTGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCACCCt < 2:452658/148‑1 (MQ=255) tGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCAcc < 2:2290652/145‑1 (MQ=255) tGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCACCCTg < 2:3506162/148‑1 (MQ=255) tGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCACCCTg < 1:2558587/148‑1 (MQ=255) tGTAATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCACCCTg < 1:3410940/148‑1 (MQ=255) | TGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACATCACTGGACCTGCAGGCCGGACTGGAAGCCCGTGTCCGGGAAAATATCACCCTG > CP009273/2067761‑2068052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |