| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,122,453 | C→T | 100% | A227T (GCT→ACT) | wcaE ← | putative glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,122,453 | 0 | C | T | 98.5% | 861.1 / 2.3 | 262 | A227T (GCT→ACT) | wcaE | putative glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base T (123/135); total (126/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTTAT > CP009273/2122310‑2122596 | aaTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAg < 1:1974209/148‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGc < 1:3431612/148‑1 (MQ=255) tGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGcac > 1:212575/1‑148 (MQ=255) tGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGcac > 1:2410450/1‑148 (MQ=255) ccgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACAt < 2:2845184/148‑1 (MQ=255) ccgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACAt < 1:3475278/148‑1 (MQ=255) ccgccCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACAGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACAt > 2:1548927/1‑148 (MQ=255) ccccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTa > 2:1925255/1‑148 (MQ=255) ccccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTa < 2:1771864/148‑1 (MQ=255) ccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAat < 1:485850/148‑1 (MQ=255) ccGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAat < 1:2161086/148‑1 (MQ=255) gAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATAtt > 2:1482778/1‑148 (MQ=255) gAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATAtt > 2:1001778/1‑148 (MQ=255) gAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATAtt > 2:2757414/1‑148 (MQ=255) aaCCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATAttt > 2:1213629/1‑148 (MQ=255) aaCCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATAttt > 1:928713/1‑148 (MQ=255) cccTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGt < 2:1748419/148‑1 (MQ=255) ccTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTc < 1:1148198/148‑1 (MQ=255) cTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCg < 1:3508056/148‑1 (MQ=255) 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agaAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttttt < 2:320643/148‑1 (MQ=255) agaAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACtttttt > 2:26939/1‑148 (MQ=255) gaAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTc > 2:3405940/1‑148 (MQ=255) gaAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTc > 1:198458/1‑148 (MQ=255) gaAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTCGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTAAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTc > 1:197971/1‑148 (MQ=255) 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tGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAAtt > 1:2020874/1‑148 (MQ=255) cATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTcc > 2:257241/1‑148 (MQ=255) aTTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCa < 1:2398942/148‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCat > 1:1859648/1‑148 (MQ=255) ttGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCat > 2:1646068/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |