| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,222,970 | T→A | 100% | N299Y (AAT→TAT) | dusC ← | tRNA‑dihydrouridine synthase C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,222,970 | 0 | T | A | 100.0% | 581.6 / NA | 175 | N299Y (AAT→TAT) | dusC | tRNA‑dihydrouridine synthase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (95/80); total (95/80) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
GGGAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATTATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCGCCCTGCTTTTCCAGACGGGTATATTTTTGCAGCAAAG > CP009273/2222825‑2223113 | gggAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGaataat > 2:1264381/1‑148 (MQ=255)gggAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGaataat < 2:2682054/148‑1 (MQ=255) ggAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAataatt > 2:2585335/1‑148 (MQ=255) gAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |