| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,303,070 | T→G | 100% | Q272P (CAG→CCG) | ada ← | fused DNA‑binding transcriptional dual regulator/O6‑methylguanine‑DNA methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,303,070 | 0 | T | G | 100.0% | 1024.6 / NA | 248 | Q272P (CAG→CCG) | ada | fused DNA‑binding transcriptional dual regulator/O6‑methylguanine‑DNA methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (107/141); total (107/141) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GGTATTATGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCTGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCTGGCGATCACTTCACGCACATGTTGCTGAAACATCAGATCGGCAGGCGCGTTGTCGGCAGCGGGAAACATCTGCTGCAACTCG > CP009273/2302926‑2303213 | gTATTATGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGaaa < 1:2987279/148‑1 (MQ=255) gTATTATGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGaaa < 2:1405530/148‑1 (MQ=255) attatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAg > 1:2759727/1‑148 (MQ=255) attatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAg > 1:1975160/1‑148 (MQ=255) ttatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGc > 2:3033511/1‑148 (MQ=255) tatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCa > 2:1290349/1‑148 (MQ=255) tatGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCa < 1:3319598/148‑1 (MQ=255) atGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAg < 1:1581451/148‑1 (MQ=255) atGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAg < 1:1927691/148‑1 (MQ=255) tGATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGACAAGCAGt > 2:2296320/1‑148 (MQ=255) gATAGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTg < 1:901143/148‑1 (MQ=255) aGCCAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCcg > 2:420934/1‑148 (MQ=255) cAGCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGa < 2:2921735/148‑1 (MQ=255) gCTTGTTGGCGGCACAGGCGCTGGCAACGGCCCGTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAAt < 2:1998384/148‑1 (MQ=255) 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gTACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGttg < 1:950854/148‑1 (MQ=255) tACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGttga < 2:2677918/148‑1 (MQ=255) tACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGttga > 2:2427169/1‑148 (MQ=255) tACCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGttga < 1:3290629/148‑1 (MQ=255) aCCGCTTTCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGttgat < 1:3368737/148‑1 (MQ=255) tttCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAgg > 1:45760/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGc > 2:2651801/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGc > 1:1206346/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGc > 1:2930638/1‑148 (MQ=255) tCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCt > 1:2136459/1‑148 (MQ=255) tCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCt < 2:2767914/148‑1 (MQ=255) tCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCt < 2:3178989/148‑1 (MQ=255) tCGGTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCt > 1:547400/1‑148 (MQ=255) ggTTTGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCTgg < 2:813266/148‑1 (MQ=255) tttGCCGATGGCGTTAGCCAGTTGCTGATAACTGACGGTTTCACCGCAAGGTATCGTGCGCAGTGCCTGCCAGACTTGTTGCGGAAAAGCAGTGCCGCGAATGTCCAGCGGTAACGTCAGCGGCGTATCGCGTTGATTGAGGCTGGCg < 2:16089/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |