| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,463,904 | T→A | 9.6% | I432N (ATT→AAT) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,463,904 | 0 | T | A | 9.6% | 317.9 / 3.6 | 118 | I432N (ATT→AAT) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/65); new base A (13/2); total (51/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAA > CP009273/2463757‑2464051 | tGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAAtt < 2:1102216/148‑1 (MQ=255) tGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAAtt < 2:2390626/148‑1 (MQ=255) tagtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCa < 1:2628075/148‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:2296003/148‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 1:1668/148‑1 (MQ=255) ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTTTTTATAAAAAAAATAAAAGaaa > 2:1377107/1‑148 (MQ=255) tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 1:3193699/148‑1 (MQ=255) ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TGTTTTTTTATTATTAAAAAAATAaaaaaaaaaaa > 1:1047813/1‑145 (MQ=255) ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTTTAAAAAAATTaaaaaaaaaaaa > 1:2778853/1‑144 (MQ=255) ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAAATTAtaaaataaataaaataaaaaaa > 2:2173690/1‑144 (MQ=255) tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 1:2389724/148‑1 (MQ=255) tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAACAAg > 2:2607992/1‑148 (MQ=255) ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGa < 2:2963399/148‑1 (MQ=255) ttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGa < 2:2297600/148‑1 (MQ=255) tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑GTTTTTAATTTTTAAAATAAATAAAATAAATCAAGaa > 2:1672191/1‑147 (MQ=255) aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAAAAATaaaaaaaaa > 2:712859/1‑142 (MQ=255) aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAt < 2:472893/148‑1 (MQ=255) atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAtaaataaaaaaaaaa > 2:265924/1‑141 (MQ=255) tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:1579361/148‑1 (MQ=255) tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:1578472/148‑1 (MQ=255) cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 1:2923804/148‑1 (MQ=255) aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAGAAAATAACGATTTa > 2:2725022/1‑148 (MQ=255) ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATAAAGACAAAAGCGAAGTaa > 2:437933/1‑148 (MQ=255) gtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑GTTTTTTATTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTaaatgacaaa > 1:221296/1‑141 (MQ=255) tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAg < 1:160173/148‑1 (MQ=255) tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAg < 1:160034/148‑1 (MQ=255) tttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGttt < 1:3151554/148‑1 (MQ=255) ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAATAAAATAGCGATGTAAATCACTAAGtttt > 2:2440795/1‑147 (MQ=255) ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATATATAAAATAAAAAAAAAAAAAAACGATGTAAAGAACAAAGttat > 2:676301/1‑146 (MQ=255) ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 2:3379002/148‑1 (MQ=255) ggtgAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTg < 2:2005975/145‑1 (MQ=255) gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAAAAAAAATCGATGTAAAGAACTAAGTTTAAATTTCGCGCCa > 2:3180988/1‑148 (MQ=255) gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑GTTTTTTTTTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGTAAAGCACAAAATTTAAATTTCGCGCCa > 1:3378612/1‑148 (MQ=255) atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCaa < 1:2406622/148‑1 (MQ=255) ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAATAAAAAATCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCaaaa > 2:3130174/1‑146 (MQ=255) agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAATAGATGTAAAGCACGAAATTTTAAAATCGCGCCAAACAAgg > 2:1191605/1‑148 (MQ=255) agaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 1:996158/148‑1 (MQ=255) tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAATAAAAAAATAAAAAAACGAAGTAAAGCACAAATTTTAAAATTCGCGCCAAACAAGtcgcgc > 2:3213656/1‑148 (MQ=255) gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑GTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAATAAAAAAAAAAAAAATATATTTAAAGAAAGAAATTTATATTTAGGGCCAAACATGGGGCGccca > 1:815341/1‑148 (MQ=255) caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAAAAAATAAAAAAGCGATTTTAATCACTAAGTTTAAAATTAGCGCCAATAATTTCGCGCCCaa > 2:3442173/1‑148 (MQ=255) aagcaTTTTTTTGGAATTTATTTTTCTTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTTTAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 2:2913966/148‑1 (MQ=255) aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTGGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 2:1089744/148‑1 (MQ=255) aagaaTTTATTTGGATTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 2:1089854/148‑1 (MQ=255) agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑GTTTTTTATTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCATGTAAAACACTAAATTTAAAATTAGGGCCCAACAAGGCGCGCCCaaca > 1:1159442/1‑146 (MQ=255) ttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTT‑TTTTTTAATTAATAAAA‑AATTAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAGAATTAAAGCACTCATTTTAAATTTGGCGCCACAAAAGGCGCGCACCACCTaaaa > 2:2393959/1‑148 (MQ=255) tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACCGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 1:3473989/148‑1 (MQ=255) tttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 1:3473867/148‑1 (MQ=255) tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑GTTTTTTTTTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAAAAAAAAACGTAGTAAATGAAAAATTTTAAATTTAGCGGCAAACAATGCGCGCCCAAGCGataataaaa > 1:819317/1‑145 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:563802/148‑1 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 2:728640/148‑1 (MQ=255) tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTGAAAAAAAACAAGACCAAAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTTCGCGCCACACATTGCGCGGACAACAGATAATAACaaacaaca > 2:2179503/1‑142 (MQ=255) aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAAATTAAAAAATAATTACAATAAAAAAAGACAAAAGCGAAGTAAAGCACTAAATTTAAAATGCGCGCCAAACATGGGGCGCACCAACTATAATAAAAACATAAtt > 2:227892/1‑148 (MQ=255) tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAAAAAAAATAGATGTAAAGCACAAAATTTAAAATTCGCCCCAAAAAATGCGCCCACAAACAATAAAACCAACCTAAatt > 2:1126970/1‑148 (MQ=255) gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAGAAATAAAAAAAATAGCCATGTAAATAACTAATTTTTAAATTCGCGCCAAAAAAGGCGCGCCCAAACAAAAAAACCAACCAAATTtatcaga > 2:1372517/1‑145 (MQ=255) ttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:2454832/148‑1 (MQ=255) tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTTATTTATAAAATAATTCAAAAAAATAAACACCATATCGATGTAAAGCACGAAGTTTAAAATTAGCGCCAAAAAAGGCGCGCACAAGCTATAAAACCAACCTAAATTatactcct > 2:3222347/1‑148 (MQ=255) ctacattttCTTATACATAACATTCG‑T‑TTTTTTATTTTATAAAATAATAAAAATAAATCAATAAAATAGCGATGTAAAGCACTATTTTTAATTTGCGCGCCAATATTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:972274/143‑1 (MQ=255) cgACCTTTTCTTATACATAACATTCT‑T‑TTTTTTAATTAATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:2707337/148‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:1103293/148‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:280575/148‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:2854157/148‑1 (MQ=255) cgACCTTTGATTATAAATAACAGTGT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:2707360/148‑1 (MQ=255) tttGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATTAAAAAATTAAAATAAATCAAGAAAAAAGAGATTTAAATCACTAACTTTAAATTTCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAACAAACAAAATTATACACATCTTaga > 2:3459530/1‑148 (MQ=255) tttGCTTATAAATAACAGTCT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTaga < 2:3011842/148‑1 (MQ=255) tGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 2:275684/148‑1 (MQ=255) ataCATAACAGTCT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 1:1672191/148‑1 (MQ=255) ataCATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:2487917/148‑1 (MQ=255) aTAACTGTCT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGAAAATCGCGATTTAAACCACTAAGTTTAAATGGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 1:1507721/148‑1 (MQ=255) aTAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 2:3457641/148‑1 (MQ=255) tAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 2:3060068/148‑1 (MQ=255) aCAGTCT‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 2:2769761/148‑1 (MQ=255) tctt‑ttttttAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt < 1:3283516/145‑1 (MQ=255) t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:1719151/1‑148 (MQ=255) t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 2:2919352/148‑1 (MQ=255) ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 2:935873/148‑1 (MQ=255) ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:265924/148‑1 (MQ=255) ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:2341208/1‑148 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 2:2642761/148‑1 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:1564146/148‑1 (MQ=255) ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc > 2:971379/1‑148 (MQ=255) tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg > 1:3382031/1‑148 (MQ=255) ttACAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 1:1407123/1‑148 (MQ=255) ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:3414208/148‑1 (MQ=255) ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 1:1622337/1‑148 (MQ=255) ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:3415822/148‑1 (MQ=255) taAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:1377107/148‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:422500/148‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:3355056/1‑148 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:3320331/1‑148 (MQ=255) aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:1355600/1‑148 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 2:1956878/1‑148 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 2:2561426/148‑1 (MQ=255) ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:3247920/1‑148 (MQ=255) taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:2194660/1‑148 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 1:1512880/1‑148 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:488546/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:3145851/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:488529/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTAAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATCCCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:488576/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:1662234/148‑1 (MQ=255) | TTGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑T‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAA > CP009273/2463757‑2464051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |