| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,497,946 | G→T | 100% | L7I (CTC→ATC) | fryA ← | putative PTS enzyme, Hpr component/enzyme I component/enzyme IIA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,497,946 | 0 | G | T | 99.1% | 662.5 / ‑3.3 | 205 | L7I (CTC→ATC) | fryA | putative PTS enzyme, Hpr component/enzyme I component/enzyme IIA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (100/103); total (102/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TGCCAATCAGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGAGAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAGATAAAAGTTGCTGCATCTGCAAAATGTCGCGGCAATCGGCAAT > CP009273/2497802‑2498090 | tgccAATCAGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATaaa < 2:4196/148‑1 (MQ=255) aaTCAGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGa < 2:3245870/148‑1 (MQ=255) aTCAGCTCCAGCGAGCGTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGaa < 2:3353983/148‑1 (MQ=255) aTCAGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGaa < 2:384763/148‑1 (MQ=255) aTCAGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGaa > 1:1512078/1‑148 (MQ=255) tCAGCGCCAGCGACCAAAACCCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAAt > 2:1270702/1‑148 (MQ=255) aGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCg < 1:3349059/148‑1 (MQ=255) cgcCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGtt < 1:183610/148‑1 (MQ=255) cGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATa > 2:3082596/1‑148 (MQ=255) gAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATaa < 2:2290110/148‑1 (MQ=255) gCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAAcc > 2:776274/1‑148 (MQ=255) tttCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCt < 2:237635/148‑1 (MQ=255) tttCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCt > 2:931848/1‑148 (MQ=255) tttCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCt < 1:2996302/148‑1 (MQ=255) ttCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTc > 1:2715407/1‑148 (MQ=255) tCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTcc < 2:2094258/148‑1 (MQ=255) tCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTcc < 2:2652055/148‑1 (MQ=255) cTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTa > 2:2782201/1‑148 (MQ=255) ccTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATc < 1:1243202/148‑1 (MQ=255) ccTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATc < 1:970932/148‑1 (MQ=255) cTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCa > 1:978557/1‑148 (MQ=255) cTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCa < 2:2217490/148‑1 (MQ=255) tttGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAg > 1:78551/1‑148 (MQ=255) ttGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAgg > 2:298893/1‑148 (MQ=255) ttGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAgg > 2:300960/1‑148 (MQ=255) cTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGatcat < 1:1270702/148‑1 (MQ=255) cTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGatcat < 2:3318256/148‑1 (MQ=255) tGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGatcatc < 2:1378688/148‑1 (MQ=255) aTGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGgag > 1:2150459/1‑137 (MQ=255) aTGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGgag < 2:2150459/137‑1 (MQ=255) aTGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGaaa > 1:1005816/1‑148 (MQ=255) tGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAAt < 1:1675659/148‑1 (MQ=255) ggTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATc > 2:2017031/1‑148 (MQ=255) gTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATcc > 2:551309/1‑148 (MQ=255) ttAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCg > 1:2925070/1‑148 (MQ=255) taataaAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGt < 1:418954/148‑1 (MQ=255) aataaAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTc > 2:1781939/1‑148 (MQ=255) taaAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAg > 2:1243214/1‑148 (MQ=255) aaaGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGtt > 2:2033860/1‑148 (MQ=255) aaGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTg > 1:3228117/1‑148 (MQ=255) aaGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTg > 2:2878440/1‑148 (MQ=255) tttCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGaacaac < 2:2257370/148‑1 (MQ=255) gCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGtc > 1:1280966/1‑148 (MQ=255) cTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGtct < 1:57511/148‑1 (MQ=255) cTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGtct < 1:829833/148‑1 (MQ=255) tttGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGGTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGtctc < 2:53743/148‑1 (MQ=255) aCTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGt > 1:2606090/1‑148 (MQ=255) aCTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGAGAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGt > 1:907461/1‑148 (MQ=255) cTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGATCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTa > 2:347349/1‑148 (MQ=255) ggCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAg < 2:2278087/148‑1 (MQ=255) ggCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAg < 2:1857850/148‑1 (MQ=255) gCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGa > 1:722546/1‑148 (MQ=255) cTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGAc > 1:2462138/1‑148 (MQ=255) tGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACg < 1:199521/148‑1 (MQ=255) 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aGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAg < 2:1052311/148‑1 (MQ=255) gTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAGa > 2:255257/1‑148 (MQ=255) cccACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAGATaa < 1:1781939/148‑1 (MQ=255) ccACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAGATaaa < 1:3405998/148‑1 (MQ=255) ccACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGATAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGAAGATaaa > 2:1977366/1‑148 (MQ=255) 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agatAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAGATAAAAGTTGCTGCATCTGCAAAATGTCGcggcaatcggcaat > 2:3325188/1‑148 (MQ=255) | TGCCAATCAGCGCCAGCGAGCTTTTCGCATCTGCCTTTGCGTTCTGGCGATGGTTAATAAAAGTGATTTCGCTTTGCCACTGGCTGCACTGTTCTTTAAGTTCCCACGCCGGACGAGCATGTAGACCGTTAGGCAAAGGACAGAGAAATTGAATCGTTAACATAACCGCTCCGGGTTAATCAGGAGATCATCTGAAATCCGTCAGTTGAACAACCGTCTCACGCGTAAGACGTTGAATAAGGGCAGATAAAAGTTGCTGCATCTGCAAAATGTCGCGGCAATCGGCAAT > CP009273/2497802‑2498090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |