| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 230,579 | C→T | 100% | E231K (GAA→AAA) | gloB ← | hydroxyacylglutathione hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 230,579 | 0 | C | T | 100.0% | 740.8 / NA | 222 | E231K (GAA→AAA) | gloB | hydroxyacylglutathione hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (118/104); total (118/104) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAA > CP009273/230434‑230723 | tGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGtttttt < 1:1090537/148‑1 (MQ=255)tGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGtttttt < 2:1226427/148‑1 (MQ=255)tGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGtttttt < 2:380738/148‑1 (MQ=255) ccTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTca > 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gtgtgtgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatta > 2:503593/1‑148 (MQ=255) tgtgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacat < 1:863147/148‑1 (MQ=255) tgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacatta < 2:3440309/148‑1 (MQ=255) tgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacatta < 1:204934/148‑1 (MQ=255) tgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacatta < 1:1897818/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |