| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,655,084 | A→C | 72.4% | L136R (CTG→CGG) | iscR ← | isc operon transcriptional repressor; suf operon transcriptional activator; oxidative stress‑ and iron starvation‑inducible; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,655,084 | 0 | A | C | 72.4% | 419.8 / 129.2 | 199 | L136R (CTG→CGG) | iscR | isc operon transcriptional repressor; suf operon transcriptional activator; oxidative stress‑ and iron starvation‑inducible; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/24); new base C (82/62); total (113/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GCTGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTA > CP009273/2654939‑2655231 | tGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCAc < 2:1678268/148‑1 (MQ=255) ggATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACt < 2:663404/148‑1 (MQ=255) gATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCCGCACtt < 1:1788724/148‑1 (MQ=255) aTGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCCGCACTTc > 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tCCCGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAt < 2:270926/148‑1 (MQ=255) | GCTGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTA > CP009273/2654939‑2655231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |