Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,665,772 | G→T | 100% | E123* (GAA→TAA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,665,772 | 0 | G | T | 97.9% | 375.8 / ‑1.0 | 127 | E123* (GAA→TAA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base T (45/77); total (49/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACA > CP009273/2665627‑2665918 | tCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 1:1101183/148‑1 (MQ=255) tCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 1:1101465/148‑1 (MQ=255) cTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAAc > 2:2775716/1‑148 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACg < 2:1742/148‑1 (MQ=255) cATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCGGCCGGTGGTGGTTGGACGGGGGTAACgct > 1:3009759/1‑148 (MQ=255) cATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCCCAGCCGGTGGGTGTTTCACTGGGTTAACgcg > 1:3009848/1‑147 (MQ=255) ttCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgc < 2:1673080/148‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAACGATCAACCCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTGAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgc‑t < 2:806372/148‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgc‑t < 2:2566902/148‑1 (MQ=255) ccGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGcttc‑tt < 1:1868734/148‑1 (MQ=255) ggTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTa < 2:3026622/148‑1 (MQ=255) ggTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTa < 1:2823649/148‑1 (MQ=255) aaCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCTGCCGTTGCTTGATTGAAGGGGTTAACGCGGC‑TTTaaacaa > 2:1310741/1‑143 (MQ=255) aaCCATCAAAACGCTGGCTCGCGACACACGAGAGTTATTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCACCTCCACCCCAGCCGTTTCATGATGGACGGGGTTACCACTGC‑ATTAcccaa > 2:1310303/1‑146 (MQ=255) cATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAAAACGCTGC‑GTTACCCAACGc > 2:431941/1‑148 (MQ=255) aTCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGcc < 1:1230962/148‑1 (MQ=255) aTCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGcc < 1:1171079/148‑1 (MQ=255) aaaaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATg < 1:892245/148‑1 (MQ=255) ttGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTg < 1:901854/147‑1 (MQ=255) cTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCTGCCGTTGCTTGATGCACGGGGATAACGCTGC‑TTTAACCAAAGCCAAGCCGGTg > 2:1235959/1‑148 (MQ=255) gggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGAt < 2:848543/148‑1 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGCGCGCGACCGCTGCCCGTTCTTGATTGACGGGGGGCACGCTGC‑GTTTAACAACGCCCAGCCGGGGAta > 2:901854/1‑147 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCACCCCCCCGGCCGGTGCGTGATGCACTGGGCTAACCCTGC‑TTTAACCAACCCCCAGCCCGGGATGCCGCCAGa > 1:2168460/1‑148 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGa < 1:3489016/148‑1 (MQ=255) acacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCGCGGCCGGTGGTTGGTGCACGGGGATCACGCTGG‑GTTACCCAACGCCATGCCGGGGGTggcgcccgcc > 1:2559219/1‑144 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGGGCGACCCCGGCCGGTGGTTGTTGGACGGGGGGAACGCAGC‑GTTAACCTAAGCCATGCCGGTGATTCCGCCAGAcag > 1:1732896/1‑146 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTg > 2:2585576/1‑148 (MQ=255) cGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCGGCCGTTGGTTGTTGCACTGGGATTAAGCGGC‑TTTAACCAACGCCCAGCCGGTGATTCCGCCACACAGc > 1:3460414/1‑148 (MQ=255) gagaGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCg < 1:2579739/148‑1 (MQ=255) ttAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAg > 2:1904370/1‑148 (MQ=255) tAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGt < 2:533857/148‑1 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGCGCGCGACCGCGGCCGGTGGTTGTTGGAAAGGGGGAAAGCTGC‑GGTTCCCCACCCCCAGCCGGGGGTGCCGCCCGACTGCGCGGAGTTc > 1:993252/1‑148 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTc < 1:991438/148‑1 (MQ=255) ttAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGc < 1:2111384/148‑1 (MQ=255) tAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCa < 2:1530008/148‑1 (MQ=255) tAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCa < 2:3271537/148‑1 (MQ=255) tAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCGGCCGTTTCGTGTTGCACTGGGATAAAGCTGC‑TTTAACCAACCCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTCTTCa > 2:1663137/1‑148 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa < 2:2011626/148‑1 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCGTGATGCCCGGGGTTAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGATAAGTTCTGCAGCCCGaa > 2:2131309/1‑148 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCGTGATGCACGGGGATAACGCTGC‑TTTACCCAACGCCAAGCCGGTGATGCCGCCCGACTGCGAGCAGTTATGCACCCCGaa > 2:2798732/1‑148 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGTTGCTTGTTGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa > 2:1561909/1‑148 (MQ=255) gCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACg < 2:795721/148‑1 (MQ=255) gCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACg < 2:349359/148‑1 (MQ=255) tGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCg < 2:1441345/148‑1 (MQ=255) cACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGa < 2:211515/148‑1 (MQ=255) cACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGa < 2:3282877/148‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAtt < 2:2385430/148‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAtt < 2:1280794/148‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAtt < 2:2386033/148‑1 (MQ=255) tGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTa < 1:2847491/148‑1 (MQ=255) tGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTa < 1:2779306/148‑1 (MQ=255) tGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTa < 1:2698207/148‑1 (MQ=255) tGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTa < 1:3300213/148‑1 (MQ=255) aTCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCgg < 2:1049342/148‑1 (MQ=255) tCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGt < 1:1235959/148‑1 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGCGTGATGCACTGGGCTAACGCTTC‑TTTACCCTACGCCAAGCCGGGGATGGCCCCCGACTTCGAGAAGTTGTGCAGCCCGAAAGGGCCGGCGTGCTTTTCGGTg > 2:2472285/1‑148 (MQ=255) tttttATAGCAACCGGCGCGGGAGCGCGACCGCGGCCGGTGCGTGTTGCACAGGGCTAAAGCTGCGTTTACCC‑ACGCCCTGCCGGGGATGCCGCCCGACAGCGAGAAGTTCTTCCCCCCGCCCGGGGAGTCGTGATTATCGGTGCCgg > 2:909658/1‑148 (MQ=255) tttttATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCGCTGCCGGTGCGTTATTCACTGGGTTAAAGCGGC‑GTTACACGAAGCCAAGCCGGTGATTCCGCCCCACAGCGAGAAGTTATGCAGCCCCAACCGGCAGTCGGGATTATAGGTGGCgg > 2:909642/1‑148 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGa < 2:3052942/148‑1 (MQ=255) tttATAGCAACCGGCGCGGCATCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTGACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGaa < 2:3053583/148‑1 (MQ=255) ttATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCGCTGCCGGTGGTTGATGCACGGGGCTAACGCGGC‑TTTTACCTACGCCACGCCGGGGGTGCCGCCCGACTGCGGGAAGTTCTGGAGCCCGAACGGTCAGGCGTGGTTATCGGTGGCGGAAc > 2:1562978/1‑148 (MQ=255) ataGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTa < 2:1267767/148‑1 (MQ=255) taGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAt < 2:2356219/148‑1 (MQ=255) taGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAt < 2:592917/148‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAtt < 1:2166698/148‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAtt < 2:2033008/148‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAtt < 2:3320254/148‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAtt < 1:398074/148‑1 (MQ=255) cGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGATGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTg < 1:3477668/148‑1 (MQ=255) 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cTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGc > 2:1070231/1‑148 (MQ=255) cGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCa > 2:2586159/1‑148 (MQ=255) cGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCCGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCa > 1:2208378/1‑148 (MQ=255) ccGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgcg > 2:1105345/1‑148 (MQ=255) cGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgcgc < 1:1620279/148‑1 (MQ=255) cGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgcgc < 1:2262861/148‑1 (MQ=255) ccGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgc > 2:2022358/1‑148 (MQ=255) cGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgca < 1:3178609/148‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag > 1:3281608/1‑148 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag < 2:565375/148‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag > 1:1541203/1‑148 (MQ=255) cTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgca > 2:281092/1‑148 (MQ=255) cTTGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgca > 2:1841820/1‑148 (MQ=255) ttGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgcag < 1:808662/148‑1 (MQ=255) ttGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgcag < 1:2943399/148‑1 (MQ=255) ttGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgcag < 1:2943694/148‑1 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 1:2320221/148‑1 (MQ=255) aTGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg < 1:2585576/148‑1 (MQ=255) tGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGt > 2:2985638/1‑148 (MQ=255) tGCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGt < 1:1487388/148‑1 (MQ=255) gCACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTa < 2:51721/148‑1 (MQ=255) cACTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTaa < 2:1500335/148‑1 (MQ=255) cTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAgg > 1:1006900/1‑148 (MQ=255) cTGGGATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAgg < 2:1544419/148‑1 (MQ=255) ggATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGa > 2:703110/1‑148 (MQ=255) ggATAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGa > 2:242853/1‑148 (MQ=255) | TCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGC‑TTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACA > CP009273/2665627‑2665918 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |