Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,727,416 | C→A | 100% | L39L (CTG→CTT) | clpB ← | protein disaggregation chaperone |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,727,416 | 0 | C | A | 99.5% | 621.4 / ‑4.1 | 188 | L39L (CTG→CTT) | clpB | protein disaggregation chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (98/89); total (99/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
CCAGATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTCAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCAAGCTGGAATTTATTAGTAAGACGATCCAGACGCATAACTCCTCCCATAACGGATCAAAGTT > CP009273/2727271‑2727558 | cAGATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTaagc > 1:364464/1‑148 (MQ=255) gATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTaagcag > 2:3382718/1‑148 (MQ=255) aTCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAgg < 2:1064302/148‑1 (MQ=255) tCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAggg < 1:322155/148‑1 (MQ=255) ccTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGgc > 2:1504852/1‑148 (MQ=255) tgtgATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGgcgc > 1:2002513/1‑148 (MQ=255) tgATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTc > 2:581759/1‑148 (MQ=255) tgATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTc < 1:346725/148‑1 (MQ=255) gATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCa < 1:2012761/148‑1 (MQ=255) aTGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCAt < 2:1216265/148‑1 (MQ=255) ggCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTa < 2:387958/148‑1 (MQ=255) gCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTaa > 1:1040399/1‑148 (MQ=255) gCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTaa > 1:3291299/1‑148 (MQ=255) gCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTaa < 2:2942592/148‑1 (MQ=255) cTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTaaa > 1:2000253/1‑148 (MQ=255) cATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAg < 2:2405558/148‑1 (MQ=255) cATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAg < 2:3255967/148‑1 (MQ=255) tCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTg < 2:3300030/148‑1 (MQ=255) caccacCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTgg > 1:973394/1‑148 (MQ=255) caccacCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTgg > 1:2798801/1‑148 (MQ=255) caccacCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTgg < 1:3026301/148‑1 (MQ=255) ccaccaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAGATGAAGTGGtt < 2:1846629/148‑1 (MQ=255) ccaccaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGtt < 2:2786634/148‑1 (MQ=255) ccaccaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGtt < 1:297508/148‑1 (MQ=255) tACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATaaa < 2:3317405/148‑1 (MQ=255) aCCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAAt < 2:115308/148‑1 (MQ=255) aaCCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTg < 1:1280215/148‑1 (MQ=255) ccTGCTGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCTCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGTTTGTc < 1:1245614/148‑1 (MQ=255) ccTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTc > 1:2918801/1‑148 (MQ=255) ccTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTc > 1:51319/1‑148 (MQ=255) tGCGGTAAACTATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGt > 1:2934230/1‑148 (MQ=255) tGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGt > 2:3120173/1‑148 (MQ=255) tGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGt < 2:2451892/148‑1 (MQ=255) cGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGc < 2:1417932/148‑1 (MQ=255) 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aTTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCa < 1:1776091/148‑1 (MQ=255) aTTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCa < 2:1471126/148‑1 (MQ=255) aTTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCa > 1:3387434/1‑148 (MQ=255) tttAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCaa > 2:753288/1‑148 (MQ=255) tttAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCaa > 1:1632126/1‑148 (MQ=255) tAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGt < 1:819714/148‑1 (MQ=255) tAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGt < 1:141712/148‑1 (MQ=255) tAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGt < 1:1916375/148‑1 (MQ=255) aaTGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTg > 2:960156/1‑148 (MQ=255) aTGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGa < 2:650421/148‑1 (MQ=255) 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cTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTgg < 2:211565/148‑1 (MQ=255) tgattgatATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTggg > 2:2321427/1‑148 (MQ=255) attgatATATGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGTGCa > 1:2268924/1‑148 (MQ=255) atCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCa > 2:8061/1‑148 (MQ=255) cTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAag > 1:1258822/1‑148 (MQ=255) cTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAag > 1:3009085/1‑148 (MQ=255) cTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAag > 1:2286388/1‑148 (MQ=255) gcgcAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCa < 1:2770514/148‑1 (MQ=255) aCTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCAAGCTg < 1:1689156/148‑1 (MQ=255) tGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCAAGCTGGa > 2:137908/1‑148 (MQ=255) 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tCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCAAGCTGGAATTTATTAGTAAGACGATCCAGACGCATAACTCCTCCCATAACGGATCaaa > 2:316490/1‑148 (MQ=255) | CCAGATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTCAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCAAGCTGGAATTTATTAGTAAGACGATCCAGACGCATAACTCCTCCCATAACGGATCAAAGTT > CP009273/2727271‑2727558 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |