Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 234,990 | G→T | 11.3% | F78L (TTC→TTA) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 234,990 | 0 | G | T | 11.3% | 481.4 / 5.0 | 230 | F78L (TTC→TTA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/97); new base T (8/28); total (100/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
ACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAA > CP009273/234843‑235137 | cGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGaa < 1:1861875/148‑1 (MQ=255) gCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAt < 1:534066/148‑1 (MQ=255) gCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAt < 1:784314/148‑1 (MQ=255) cAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATg > 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aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATA‑TTAAAAAgg < 2:802997/148‑1 (MQ=255) tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAAATATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGaa > 1:1616621/1‑148 (MQ=255) tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa > 2:3481817/1‑148 (MQ=255) aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:750415/148‑1 (MQ=255) aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:1939226/148‑1 (MQ=255) 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ataaaaaaTATAAGATTTTGCTTTTTTGTTTTGTATGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 2:2381652/145‑1 (MQ=255) ttAAAAATATAAGTTTTAGTTGTTTTTTTTTGTCTGGGGCGAAATTTACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCTTAATTAAATTTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 2:61450/147‑1 (MQ=255) ttAAAAATATAAGATTTCGCTGTTTTTTTTTGTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTATTATTTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTAATTGAATTTTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 1:1108969/147‑1 (MQ=255) gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa < 2:783525/148‑1 (MQ=255) tAAAATTATAAGTTTTAGCTTTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTTTTATCTTAATTAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc < 2:2970416/148‑1 (MQ=255) 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atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATtct > 2:716003/1‑148 (MQ=255) tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGAAATGAAAACGAAGCACAGAAACAAAATtctc > 1:3457068/1‑148 (MQ=255) taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAATGAAAAAGACATTAAACCCAAGCACAGAAAAAACAtaaacca > 1:3437078/1‑142 (MQ=255) agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATATCCAAt > 1:2878156/1‑148 (MQ=255) gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAACCAAGCACAGAATAAAAATTCTCCAAta > 1:1432853/1‑147 (MQ=255) 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gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:2688194/1‑148 (MQ=255) | ACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAA > CP009273/234843‑235137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |