| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,876,760 | C→T | 100% | G246G (GGG→GGA) | casA ← | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,876,760 | 0 | C | T | 100.0% | 889.8 / NA | 266 | G246G (GGG→GGA) | casA | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (122/144); total (122/144) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAA > CP009273/2876616‑2876902 | cTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCa < 1:1032539/148‑1 (MQ=255) cAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAAt < 1:2766727/148‑1 (MQ=255) cAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAAt < 2:3116459/148‑1 (MQ=255) cAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAAt > 1:589814/1‑148 (MQ=255) aacTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATATCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACTCAAATTGATTTCCTGTCAAAAGCAAGAACAATTAACAATTCAAATgt > 1:3299553/3‑147 (MQ=255) aCCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAATGGGAATGCGGATGGGGCCAGATCCCATTAACTTTAAAGGTAAATATTTCCTGAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGATATGCTGTCCACAGAATGAACAGTTACCAATTCCatggg > 2:285374/1‑144 (MQ=255) aCCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCATTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCATGTCCACAGCAAGAAAATTTACCAATTCCAAtcg > 2:2416895/1‑146 (MQ=255) ccTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATggg < 1:320063/148‑1 (MQ=255) cTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGa < 2:2221376/148‑1 (MQ=255) cTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCa > 1:1170294/1‑148 (MQ=255) cTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCa < 1:2180743/148‑1 (MQ=255) tttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCAt < 1:345249/148‑1 (MQ=255) tttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCAt > 2:1579684/1‑148 (MQ=255) tttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCAt < 1:2708070/148‑1 (MQ=255) ttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATa < 1:2615869/148‑1 (MQ=255) tCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATaa < 1:187143/148‑1 (MQ=255) ttGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAAtt < 2:265649/148‑1 (MQ=255) tGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTc > 2:1812305/1‑148 (MQ=255) tGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTc > 2:503163/1‑148 (MQ=255) cTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAat < 2:1234229/148‑1 (MQ=255) tGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAata > 2:2650582/1‑148 (MQ=255) gTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAatat > 1:2405781/1‑148 (MQ=255) ttACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATg < 1:195679/148‑1 (MQ=255) ttACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATg < 1:174114/148‑1 (MQ=255) aCAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGt < 2:2128088/148‑1 (MQ=255) aCAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGt < 1:1086306/148‑1 (MQ=255) aGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGc > 1:2934225/1‑148 (MQ=255) gggAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCa > 1:2862038/1‑148 (MQ=255) gAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGa < 2:971757/148‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAAt < 2:1340034/148‑1 (MQ=255) gATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGAcc < 2:896419/148‑1 (MQ=255) ggggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACg > 2:360115/1‑148 (MQ=255) ggggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACg < 2:2517282/148‑1 (MQ=255) gggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATCATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACgg > 2:2877619/1‑148 (MQ=255) ggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGa > 2:667571/1‑148 (MQ=255) ccATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCaa > 1:850633/1‑148 (MQ=255) ttAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTg > 2:2797103/1‑148 (MQ=255) ttAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTg > 2:721391/1‑148 (MQ=255) ttAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTg < 1:2602039/148‑1 (MQ=255) ttAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTg < 1:1262707/148‑1 (MQ=255) tAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGa > 2:480481/1‑148 (MQ=255) cTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGa < 2:2090679/148‑1 (MQ=255) cTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGa < 1:947492/148‑1 (MQ=255) cTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGa < 1:3187297/148‑1 (MQ=255) tGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGaa < 1:503629/148‑1 (MQ=255) tGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGaa > 2:2158515/1‑148 (MQ=255) tGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGaa > 1:95741/1‑148 (MQ=255) tGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGaa > 1:1306664/1‑148 (MQ=255) tAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGc < 2:537654/148‑1 (MQ=255) aaaGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCa > 1:1675194/1‑148 (MQ=255) aaaGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCa > 2:161592/1‑148 (MQ=255) aGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAgg < 1:416089/148‑1 (MQ=255) ggTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGt < 1:393797/148‑1 (MQ=255) gTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGta < 1:3440832/148‑1 (MQ=255) tAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGtat < 2:2344733/148‑1 (MQ=255) aTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGa < 1:2211902/148‑1 (MQ=255) tttttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGAc < 1:1004849/148‑1 (MQ=255) ttttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACt < 1:1597138/148‑1 (MQ=255) ttttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACt < 1:2015061/148‑1 (MQ=255) ttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCa > 2:331033/1‑148 (MQ=255) cTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTg < 2:1164811/148‑1 (MQ=255) ttAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTgg > 1:601856/1‑148 (MQ=255) ttAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTgg > 1:53370/1‑148 (MQ=255) ttAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTgg > 1:3097092/1‑148 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGa > 1:2536334/1‑148 (MQ=255) aGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACt < 1:2632090/148‑1 (MQ=255) aGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACt < 1:207767/148‑1 (MQ=255) gAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACtt > 2:110247/1‑148 (MQ=255) gAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACtt > 2:754183/1‑148 (MQ=255) aaaaCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTg > 2:2239104/1‑148 (MQ=255) aaaCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGa < 1:381183/148‑1 (MQ=255) aCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATa > 2:11407/1‑148 (MQ=255) cGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAgg < 2:1030563/148‑1 (MQ=255) cGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAgg < 2:3374771/148‑1 (MQ=255) cGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAgg < 2:1636546/148‑1 (MQ=255) cGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAgg < 1:2965131/148‑1 (MQ=255) tataACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGttt > 1:2143082/1‑148 (MQ=255) ataACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTa < 1:111357/148‑1 (MQ=255) cGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATcc < 1:722295/148‑1 (MQ=255) cAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCag < 2:3299087/148‑1 (MQ=255) cAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCag > 1:883960/1‑148 (MQ=255) cAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCag < 2:870698/148‑1 (MQ=255) aTTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCaggta > 2:1945450/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCaggtagg < 2:2300402/148‑1 (MQ=255) tttCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttg < 2:1489101/148‑1 (MQ=255) tttCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttg < 1:3036656/148‑1 (MQ=255) tttCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttg > 2:561246/1‑148 (MQ=255) tCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttggt > 2:1735785/1‑148 (MQ=255) ccTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttggtt < 2:2405781/148‑1 (MQ=255) cTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGttt < 1:2037238/148‑1 (MQ=255) tGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGtttt < 2:1414849/148‑1 (MQ=255) gTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTc < 2:346589/148‑1 (MQ=255) cAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgtg < 1:1770324/148‑1 (MQ=255) cAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgtg < 1:2879957/148‑1 (MQ=255) gAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt > 1:3376768/1‑148 (MQ=255) cATTTACCAATTCCCATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAt < 1:2126462/148‑1 (MQ=255) aaTTTACCAATTCCAATGTGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGTACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAt < 1:2416895/147‑1 (MQ=255) tttACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTa > 1:3487429/1‑148 (MQ=255) aCCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGa < 2:1994799/148‑1 (MQ=255) ccAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGaa > 1:2988202/1‑148 (MQ=255) | CTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAA > CP009273/2876616‑2876902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |