Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,921,101 | C→A | 100% | intergenic (+70/‑487) | ygdH → / → sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,921,101 | 0 | C | A | 96.3% | 650.7 / 13.1 | 213 | intergenic (+70/‑487) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/4); new base A (86/119); total (90/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
ACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATG > CP009273/2920956‑2921245 | aCAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat > 2:3308456/1‑148 (MQ=255) cAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTTCTACGAAATCTGCACGTAATATCCGATCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaatt < 2:270236/148‑1 (MQ=255) cAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaatt < 2:1304816/148‑1 (MQ=255) gggTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTg < 2:2691517/148‑1 (MQ=255) ggTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGTCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGt > 2:3237780/1‑148 (MQ=255) ttttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGTCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCGCCGGTTACGTTTGTTGCCGGTTTTTCTCTTTTTTGGTCACTTACTCATCATCTCATTTAATTTGTta < 2:1474845/148‑1 (MQ=255) ttttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTTTta > 2:221160/1‑148 (MQ=255) ttttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTta < 2:2288874/148‑1 (MQ=255) ttttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTta < 2:3426588/148‑1 (MQ=255) tttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTtat < 2:2500867/148‑1 (MQ=255) tttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTtat < 1:349132/148‑1 (MQ=255) tgttgCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTatat > 1:1252354/1‑148 (MQ=255) ttgCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGa < 2:1146009/148‑1 (MQ=255) ccAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGt < 1:2348748/148‑1 (MQ=255) 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cATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCt < 1:1746873/148‑1 (MQ=255) aTCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCtt < 1:1702298/148‑1 (MQ=255) cGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTac > 2:626730/1‑148 (MQ=255) gTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTacc < 2:2705950/148‑1 (MQ=255) gTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTacc < 2:1052102/148‑1 (MQ=255) gTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTacc < 2:2108630/148‑1 (MQ=255) tgtaGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTaccacc < 1:2000540/145‑1 (MQ=255) tGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTaccacc < 2:1134634/148‑1 (MQ=255) tGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTAATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTaccacc < 2:2886396/148‑1 (MQ=255) aGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTc < 2:44009/148‑1 (MQ=255) aGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTc < 2:1742635/148‑1 (MQ=255) aGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTc < 1:303560/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCAc > 1:2186419/1‑148 (MQ=255) ccAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCAcgcg > 1:477815/1‑148 (MQ=255) aGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGAc > 1:2908034/1‑148 (MQ=255) 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tCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACa < 2:3101114/148‑1 (MQ=255) tGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAt < 2:2635561/148‑1 (MQ=255) cACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAttt < 2:1541238/148‑1 (MQ=255) cACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAttt < 2:86252/148‑1 (MQ=255) cACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAttt < 2:603392/148‑1 (MQ=255) cACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGGTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAttt < 2:1864120/148‑1 (MQ=255) cGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTAt > 1:3285368/1‑148 (MQ=255) tAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGt < 1:1420914/148‑1 (MQ=255) tctcCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGc > 1:704233/1‑148 (MQ=255) ctcCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGACTGTTTGTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCa > 1:1556300/1‑148 (MQ=255) 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tttaatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCAtt < 2:1362114/148‑2 (MQ=255) | ACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATG > CP009273/2920956‑2921245 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |