| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,973,968 | T→A | 88.7% | G9G (GGA→GGT) | ygeA ← | Asp/Glu_racemase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,973,968 | 0 | T | A | 88.7% | 504.9 / 43.7 | 175 | G9G (GGA→GGT) | ygeA | Asp/Glu_racemase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/7); new base A (86/69); total (99/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CCCATTCCCCGCGACGCTGGCACTCTTCTATTTCATGAAAATCGACGCTATGTAGCAGCACTTGCGCAGAGTGAAGCCCACCAAGCCGCTGTTTAATGCCTTCATTTATCAAACGATAGTAAGGAATGGTGGATTCCCAGCTCATTCCTCCCAGCAAACCAATTGTTTTCATTCCTCTCTCCTGATGTGTGTTACCGCAACAAGGCTGAATAAGGAACGAGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATCTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATGTACAGCACATC > CP009273/2973823‑2974110 | cATTCCCCGCGACGCTGGCACTCTTCTATTTCATGAAAATCGACGCTATGTAGCAGCACTTGCGCAGAGTGAAGCCCACCAAGCCGCTGTTTAATGCCTTCATTTATCAAACGATAGTAAGGAATGGTGGATTCCCAGCTCATacctc > 2:1880410/1‑148 (MQ=255) ccGCGACGCTGGCACTCTTCTATTTCATGAAAATCGACGCTATGTAGCAGCACTTGCGCAGAGTGAAGCCCACCAAGCCGCTGTTTAATGCCTTCATTTATCAAACGATAGTAAGGAATGGTGGATTCCCAGCTCATACCTCCCAGCa > 2:3167884/1‑148 (MQ=255) cgcgACGCTGGCACTCTTCTATTTCATGAAAATCGACGCTATGTAGCAGCACTTGCGCAGAGTGAAGCCCACCAAGCCGCTGTTTAATGCCTTCATTTATCAAACGATAGTAAGGAATGGTGGATTCCCAGCTCATACCTCCCAGCaa < 1:571094/148‑1 (MQ=255) aCGCTGGCACTCTTCTATTTCATGAAAATCGACGCTATGTAGCAGCACTTGCGCAGAGTGAAGCCCACCAAGCCGCTGTTTAATGCCTTCATTTATCAAACGATAGTAAGGAATGGTGGATTCCCAGCTCATACCTCCCAGCAAACCa > 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gtgtATTCCCACCACATACCTCCCACAAAACCAATTTTTTTAATTCCTCGCTCCTGTTGTGTGTTACCGAAACAGGGCTTAATATGGAACGTGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATTTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGAt < 1:2998321/148‑1 (MQ=255) tggATTCCCAGCTCATACCTCCCAGAAAACAAATTTTTTTATTTCCTCTCTCCTGTTGTGTTTTACCGAAACAAGGCTGAATAAGGAACCACACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATTTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATg < 1:2743055/148‑1 (MQ=255) ggATTCCCAGCTCATACCTCCCAGCAAACCAATTGTTTTCATTCCTCTCTCCTGATGTGTGTTACCGCAACAAGGCTGAATAAGGAACGAGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATTTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATGt > 1:1787407/1‑148 (MQ=255) aTTCCCAGCTCATACCTCCCAGCAAACCAATTGTTTTCATTCCTCTCTCCTGATGTGTGTTACCGCAACAAGGCTGAATAAGGAACGAGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATTTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATGTAc > 1:3107046/1‑148 (MQ=255) aTTCCCAGCTCATACCTCCCAGCAAACCAATTGTTTTCATTCCTCTCTCCTGATGTGTGTTACCGCAACAAGGCTGAATAAGGAACGAGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATTTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATGTAc > 1:3108272/1‑148 (MQ=255) 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cTCATACCTCCCAGCAAACAAATTGTTTTCTTTCCTCTCGCCTTATGTGTGTTCCCGCAACACGGCTGAATAAGGAACGAGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATTTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATGTACAGCACATc < 1:2486775/148‑1 (MQ=255) | CCCATTCCCCGCGACGCTGGCACTCTTCTATTTCATGAAAATCGACGCTATGTAGCAGCACTTGCGCAGAGTGAAGCCCACCAAGCCGCTGTTTAATGCCTTCATTTATCAAACGATAGTAAGGAATGGTGGATTCCCAGCTCATTCCTCCCAGCAAACCAATTGTTTTCATTCCTCTCTCCTGATGTGTGTTACCGCAACAAGGCTGAATAAGGAACGAGACAAACGCCTCAACGGCCAAGTGCCCAATCTCTATTAACGAAAAAAGGGCCGGATGTACAGCACATC > CP009273/2973823‑2974110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |