Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,986,052 | G→T | 100% | L200F (TTG→TTT) | ygeH → | putative transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,986,052 | 0 | G | T | 97.3% | 744.4 / 8.6 | 237 | L200F (TTG→TTT) | ygeH | putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/5); new base T (111/119); total (113/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAA > CP009273/2985907‑2986196 | gTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTAt < 2:1643821/148‑1 (MQ=255) tctATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGa > 1:2038048/1‑148 (MQ=255) tctATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGa < 2:2695512/148‑1 (MQ=255) tataCCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACg > 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tATCCGATGGCTGCGAAAAATTTTTTTAATGATCACATACCTCAAAATTAATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaa < 1:311506/148‑1 (MQ=255) aTCCTATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaaa < 1:3363792/148‑1 (MQ=255) aTCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaaa > 1:1173316/1‑148 (MQ=255) aTCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaaa < 1:745540/148‑1 (MQ=255) tCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAAc < 2:284431/148‑1 (MQ=255) aTGGCTTCGACAAATTTTTGTAATTATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACTTTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCttt < 2:950392/148‑1 (MQ=255) aTGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAATAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCttt < 2:444330/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTc < 2:1316344/148‑1 (MQ=255) tcTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTcc < 2:3151992/147‑1 (MQ=255) cTGCAACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCt > 1:1287906/1‑148 (MQ=255) 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ttcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACataata < 1:1715965/148‑1 (MQ=255) tcTTGAGCATATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATAc < 1:2082449/148‑1 (MQ=255) tcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATAc > 2:2897708/1‑148 (MQ=255) tcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATAc < 2:3250838/148‑1 (MQ=255) cTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACa > 1:1427124/1‑148 (MQ=255) 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aatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGAt < 1:629439/148‑1 (MQ=255) tGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCt > 1:10815/1‑148 (MQ=255) gCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTg > 2:1301413/1‑148 (MQ=255) gAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGa < 1:3511035/148‑1 (MQ=255) gAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGa < 2:1558350/148‑1 (MQ=255) aaCACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTTTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGAt < 2:3144031/148‑1 (MQ=255) acacTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGAtt > 1:1923335/1‑148 (MQ=255) acTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAg > 1:2304878/1‑148 (MQ=255) cTTTATACATTGATTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGc < 1:1599079/148‑1 (MQ=255) cTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGc < 1:2453348/148‑1 (MQ=255) 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aGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCa < 2:648925/148‑1 (MQ=255) | GTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAA > CP009273/2985907‑2986196 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |