Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,009,187 | G→T | 100% | intergenic (+90/‑232) | mocA → / → ygfK | CTP:molybdopterin cytidylyltransferase/putative Fe‑S subunit oxidoreductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,009,187 | 0 | G | T | 98.8% | 803.7 / 0.2 | 248 | intergenic (+90/‑232) | mocA/ygfK | CTP:molybdopterin cytidylyltransferase/putative Fe‑S subunit oxidoreductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (120/125); total (121/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ATATTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGAGAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGTGATTTTAATTCTCATTTAGCACCTGTGAGTTCATTCACAAAAAGCCCTTAAGTTTCGAGCCGCCTCACATTTTTTTATATTTCCCGCCAAACCTGGCAAGAGT > CP009273/3009042‑3009331 | atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTNCGTTCAAGTATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 1:1786190/1‑148 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 2:565147/1‑148 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 2:3070888/1‑148 (MQ=255) atTGATACTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTgagaaaagataaaa > 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cTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATa < 2:388727/148‑1 (MQ=255) cTCCGGACGACTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATa > 2:150921/1‑148 (MQ=255) ccGGACGACTTTAGTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATaaa < 1:1290527/148‑1 (MQ=255) gacgacTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATgg > 2:2746629/1‑148 (MQ=255) acgacTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATggg < 1:1380328/148‑1 (MQ=255) acTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTg > 2:1904941/1‑148 (MQ=255) cTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATTGGCTgg > 2:2855704/1‑148 (MQ=255) cTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTgg > 2:2940492/1‑148 (MQ=255) cTTTATTACAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTgg > 2:608279/1‑148 (MQ=255) ttattaCAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCAATGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCa > 2:852969/1‑148 (MQ=255) taCAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataa > 2:1054889/1‑148 (MQ=255) taCAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataa > 1:686179/1‑148 (MQ=255) taCAGCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataa > 1:1118600/1‑148 (MQ=255) gCGAAGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCaataataat < 2:3277432/148‑1 (MQ=255) cGAAGGAAAGTTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAAtt < 2:2993462/148‑1 (MQ=255) 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aGGAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGAGAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTc < 2:2435380/148‑1 (MQ=255) ggAAAGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCa > 2:1544053/1‑148 (MQ=255) aaGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGa < 2:1877412/148‑1 (MQ=255) aGGTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAg < 1:1595559/148‑1 (MQ=255) ggTATACTGAAATTTAGAAAACGTAGTTAAACGATTGCGTTCAAATATTTAATCCTTCCGGCACTCATTATCATAATGATAAGGAATCACTGATTTTGAGAAAAGATAAAAATTGATAAATGGGCTGGCAATAATAATTTTCAGGAGt < 1:105869/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |