| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,164,230 | C→A | 100% | R130S (CGT→AGT) | qseC → | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,164,230 | 0 | C | A | 99.5% | 645.0 / ‑4.1 | 196 | R130S (CGT→AGT) | qseC | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (88/107); total (89/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATC > CP009273/3164085‑3164373 | tgatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATGACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGt > 2:1377065/1‑148 (MQ=255)tgatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGt < 2:2291486/148‑1 (MQ=255) tgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGtttt > 2:1063346/1‑148 (MQ=255) aCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGt > 1:2715756/1‑148 (MQ=255) aTGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTg < 2:84435/148‑1 (MQ=255) gcTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATg < 1:2925896/148‑1 (MQ=255) cTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGa < 1:664409/148‑1 (MQ=255) gACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGAcc > 1:950487/1‑148 (MQ=255) aCCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCt > 1:2578260/1‑148 (MQ=255) aCCTGTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGAGGGCGATAACGGAGAAGATAGTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCt < 2:2500693/148‑1 (MQ=255) cTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCa > 1:447268/1‑148 (MQ=255) tttGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCAc < 1:1559577/148‑1 (MQ=255) ttGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCAcc < 2:486938/148‑1 (MQ=255) gtGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCAcc < 1:2792535/147‑1 (MQ=255) tGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCt < 1:2724094/148‑1 (MQ=255) tGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCt < 1:71192/148‑1 (MQ=255) tGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCt > 1:100313/1‑148 (MQ=255) ccATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCCACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGa > 2:2871675/1‑148 (MQ=255) ccATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGa < 2:303564/148‑1 (MQ=255) 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cTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGc > 1:1925021/1‑148 (MQ=255) ttACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCaa > 2:28335/1‑148 (MQ=255) ttACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCaa < 1:1249088/148‑1 (MQ=255) tACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCaaa > 1:3336571/1‑148 (MQ=255) aCCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAat < 1:856996/148‑1 (MQ=255) ccACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAatat > 2:744076/1‑148 (MQ=255) cgacgGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGc < 1:1319157/148‑1 (MQ=255) cgacgGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGc < 1:68953/148‑1 (MQ=255) cgacgGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGc < 1:207387/148‑1 (MQ=255) acgGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCAt > 2:1826459/1‑148 (MQ=255) 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aCGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGa < 1:2475783/148‑1 (MQ=255) cGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGaa > 2:3187138/1‑148 (MQ=255) cGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGaa > 2:1740402/1‑148 (MQ=255) cGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGaa > 1:2403852/1‑148 (MQ=255) ggAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGACTGGGAATACCGTGAAg > 2:1516240/1‑148 (MQ=255) agaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGAc > 1:1178565/1‑148 (MQ=255) agaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGAc > 1:121126/1‑148 (MQ=255) gaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACa > 1:1212391/1‑148 (MQ=255) aagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACAt > 2:953576/1‑148 (MQ=255) agaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATg < 1:204617/148‑1 (MQ=255) gaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATgg > 2:3456020/1‑148 (MQ=255) gaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATgg < 1:366352/148‑1 (MQ=255) atTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGgcgc > 1:3050685/1‑148 (MQ=255) atTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGgcgc > 2:1746871/1‑148 (MQ=255) tCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTg < 2:1330874/148‑1 (MQ=255) 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aGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGTAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGAttg > 2:1488777/1‑148 (MQ=255) aGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGAttg < 1:2210088/148‑1 (MQ=255) gCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGAttgt > 2:3218302/1‑148 (MQ=255) gCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGAttgt < 1:3505538/148‑1 (MQ=255) gCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGAttgt > 2:533402/1‑148 (MQ=255) 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tGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTgg < 1:2418051/148‑1 (MQ=255) aCGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCt > 2:2616896/1‑148 (MQ=255) aaCTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGc < 2:3128086/148‑1 (MQ=255) aCTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCa < 2:1282284/148‑1 (MQ=255) gTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGc > 2:1455412/1‑148 (MQ=255) 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ttGGAGTTTTCTCTGGATGACCTCAACTGAGGGCAAATATCGAATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGAAATGGCTCTTGCGATTGTGGCCGGTCAATTGTTCCCGTGGCTGGTCGCTCTGCCGATTATGTTAatcttc < 2:2668564/148‑1 (MQ=255) | TGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATC > CP009273/3164085‑3164373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |