| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,176,733 | G→T | 100% | intergenic (+51/+439) | zupT → / ← ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,176,733 | 0 | G | T | 98.9% | 605.1 / ‑1.9 | 189 | intergenic (+51/+439) | zupT/ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (117/68); total (120/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGA > CP009273/3176588‑3176875 | ttGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAACCGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTaa < 1:1600576/148‑1 (MQ=255)ttGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTaa < 1:3020229/148‑1 (MQ=255)ttGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTaa > 1:2505628/1‑148 (MQ=255)ttGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTaa > 1:187204/1‑148 (MQ=255) tGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTaaa < 1:2223540/148‑1 (MQ=255) gACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATAGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAg < 1:1541245/148‑1 (MQ=255) cccTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGcc > 1:1084195/1‑148 (MQ=255) cccTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGcc < 1:949372/148‑1 (MQ=255) cccTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGcc > 2:3474403/1‑148 (MQ=255) taataaCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTc > 2:153532/1‑148 (MQ=255) aatacCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCt < 2:1784266/148‑1 (MQ=255) aataaCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCt > 2:2259099/1‑148 (MQ=255) ataaCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTa > 2:1749796/1‑148 (MQ=255) ataaCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTa > 1:2630779/1‑148 (MQ=255) taaCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTAc > 2:2447941/1‑148 (MQ=255) cccAGCTATGGCGTACTATGTGTAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCttt < 1:1248375/148‑1 (MQ=255) ccAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCtttt < 2:396917/148‑1 (MQ=255) cAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTc > 1:2435251/1‑148 (MQ=255) cAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTc > 1:530355/1‑148 (MQ=255) 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tGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTATTCTCTCGTACTGt > 1:862125/1‑148 (MQ=255) tGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGt > 1:2406699/1‑148 (MQ=255) aTGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTAt < 2:1680538/148‑1 (MQ=255) aTGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTAt > 2:3257640/1‑148 (MQ=255) aTGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGACTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTAt > 2:1896091/1‑148 (MQ=255) 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aGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGtt < 2:2746718/148‑1 (MQ=255) aGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGtt > 1:3145468/1‑148 (MQ=255) aGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGtt > 2:279639/1‑148 (MQ=255) tGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCa > 1:3494487/1‑148 (MQ=255) gTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCATCTTCACTAAATCATTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCaa < 2:1142672/148‑1 (MQ=255) tCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCaaa < 1:2400120/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAAt < 2:2932826/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAAt < 2:1961613/148‑1 (MQ=255) tGGACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGaaa > 2:139726/1‑148 (MQ=255) gACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATa < 1:2897107/148‑1 (MQ=255) gACAACTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATa > 1:679984/1‑148 (MQ=255) aCTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAAccc > 1:606968/1‑148 (MQ=255) cTTCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACcca > 2:1520043/1‑148 (MQ=255) ttCTGCCAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACccac > 1:3027174/1‑148 (MQ=255) ccAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTACTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACaa > 2:1966598/1‑148 (MQ=255) ccAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGGTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACaa < 1:2156739/148‑1 (MQ=255) cAGCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAAc > 2:2597513/1‑148 (MQ=255) gCTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTACGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGAAGGAAATAACCCACCACAACCa > 1:1108995/1‑148 (MQ=255) cTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATCACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCag > 2:2763448/1‑148 (MQ=255) cTTCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCag > 2:1731891/1‑148 (MQ=255) ttCACTAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTTGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCaga > 1:1607186/1‑148 (MQ=255) | TTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCAGCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGA > CP009273/3176588‑3176875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |