Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,186,181 | G→C | 94.2% | W205C (TGG→TGC) | yqiJ → | DUF1449 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,186,181 | 0 | G | C | 94.2% | 850.3 / 31.9 | 221 | W205C (TGG→TGC) | yqiJ | DUF1449 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/7); new base C (107/101); total (113/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
GCGAAGGAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTC > CP009273/3186036‑3186325 | aaGGAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGCCCCCa > 2:932084/1‑148 (MQ=255) aGGAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGCCCCCaa < 1:2123306/148‑1 (MQ=255) aaaaCTCACCGATCTATTTTTCCAAATACATTATTTTCTACTGGAGCATGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGCCCCGAAata < 1:2085153/148‑1 (MQ=255) aaaaCTCACCGATCAATTTGTCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGCCCCCAAata < 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cccTGCCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTAtcg > 2:696547/1‑148 (MQ=255) | GCGAAGGAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTC > CP009273/3186036‑3186325 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |