Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,306,165 | C→A | 100% | V125F (GTT→TTT) | rbfA ← | 30s ribosome binding factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,306,165 | 0 | C | A | 99.5% | 734.0 / ‑4.3 | 228 | V125F (GTT→TTT) | rbfA | 30s ribosome binding factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (132/94); total (133/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCTTTCCCCAGCAGGCTGCGGATGAAACCAGA > CP009273/3306020‑3306312 | gTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAaaac < 2:3099128/148‑1 (MQ=255) tGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAacga < 2:3489140/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAacga > 1:3095083/1‑148 (MQ=255) ttATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGttc > 1:1594138/1‑148 (MQ=255) ttATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGttc > 1:1595375/1‑148 (MQ=255) tatataCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGttcttc > 1:2744931/1‑148 (MQ=255) tatataCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGttcttc > 1:136372/1‑148 (MQ=255) atataCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCg > 2:2573590/1‑148 (MQ=255) ataCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGTTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTc < 1:173818/148‑1 (MQ=255) ataCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTc < 2:1410134/148‑1 (MQ=255) ataCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTc > 1:1828468/1‑148 (MQ=255) aCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCAt > 2:1058417/1‑148 (MQ=255) aCGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCAt > 1:887403/1‑148 (MQ=255) tttCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGtt > 1:976621/1‑148 (MQ=255) tttCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGtt > 2:1476070/1‑148 (MQ=255) ttCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGttt > 1:3505629/1‑148 (MQ=255) cACTTTTTGCAGCGCATGGTTGCTGGACATACCGTGAGGTTTATCCAGCAAAAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGa < 1:3321734/148‑1 (MQ=255) tttttGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCa > 2:728924/1‑148 (MQ=255) ttttGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCAc > 1:918368/1‑148 (MQ=255) ttttGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCAc > 1:2673392/1‑148 (MQ=255) ttttGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCAc > 1:329848/1‑148 (MQ=255) tttGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACg < 2:2297745/148‑1 (MQ=255) tttGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACg < 2:3207962/148‑1 (MQ=255) aGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGt < 2:2891080/148‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAcc > 2:1689080/1‑148 (MQ=255) cATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAcc > 1:2482997/1‑148 (MQ=255) cATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAcc < 2:609085/148‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAcc > 1:1150600/1‑148 (MQ=255) tCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAg > 1:3101838/1‑148 (MQ=255) tgctgcACATACCCTGAGTTTAATCCACAAAAAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGttt < 1:2940396/148‑1 (MQ=255) cTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGa > 2:1765710/1‑148 (MQ=255) tGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGAc > 2:1050082/1‑148 (MQ=255) ggACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACa > 2:3316540/1‑148 (MQ=255) gACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACAt > 2:786134/1‑148 (MQ=255) aCATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATg > 1:2373242/1‑148 (MQ=255) aCATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATg > 2:1638489/1‑148 (MQ=255) tGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATccc > 1:1527991/1‑148 (MQ=255) gAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCt > 2:2669925/1‑148 (MQ=255) aGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCtt > 1:3243080/1‑148 (MQ=255) ggTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTc > 1:1896869/1‑148 (MQ=255) ggTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTGGACATGCGCATCGCTTc > 2:1865594/1‑148 (MQ=255) tttATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCaa > 1:2960871/1‑148 (MQ=255) tCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCag > 1:372476/1‑148 (MQ=255) tCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCag < 1:210537/148‑1 (MQ=255) ccAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCaga > 1:2887628/1‑148 (MQ=255) catcaacaaAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCagag < 2:2945958/145‑1 (MQ=255) aGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCagaga < 2:3065007/148‑1 (MQ=255) aGCAAAAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCagaga < 1:795586/148‑1 (MQ=255) gCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCagagag < 1:2626083/148‑1 (MQ=255) caacaaAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGt < 1:546964/148‑1 (MQ=255) acaaAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTg < 2:2804103/148‑1 (MQ=255) acaaAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTg > 1:1123022/1‑148 (MQ=255) caaAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGt > 2:481252/1‑148 (MQ=255) caaAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGt < 1:945913/148‑1 (MQ=255) aaaaCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTc < 1:1484751/148‑1 (MQ=255) aaaaCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTc > 1:1024886/1‑148 (MQ=255) aaaCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCg > 1:1671550/1‑148 (MQ=255) aaCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGt > 1:320546/1‑148 (MQ=255) aaCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGt > 2:474952/1‑148 (MQ=255) aaCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGt > 2:821442/1‑148 (MQ=255) aCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTa > 2:2682040/1‑148 (MQ=255) aCGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTa > 2:846018/1‑148 (MQ=255) gCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTaga < 1:1539911/148‑1 (MQ=255) ccGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTagaa > 1:3185042/1‑148 (MQ=255) cGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTagaag > 1:1345981/1‑148 (MQ=255) cGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTagaag < 2:2254635/148‑1 (MQ=255) gTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTagaaga < 1:1301995/148‑1 (MQ=255) aTGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGt < 1:608709/148‑1 (MQ=255) tCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAg > 1:1982651/1‑148 (MQ=255) 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ttAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCt > 2:2534343/1‑148 (MQ=255) ttAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCt > 2:3048124/1‑148 (MQ=255) ttAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCt < 1:3059335/148‑1 (MQ=255) ttAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCACTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTACGGCACGATACGCCGGCGCATCGCt > 2:3148583/1‑148 (MQ=255) tcctccTTGCTGTCGTCCGGGTTAAAACGTAGTTCTTGGTCATGTTTGACCACGGTTGTCACCAGGTTTGAAATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCTTTcc < 2:2175421/148‑1 (MQ=255) 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cacGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCTTTCCCCAGCAGGCTGCGGATGAAACCAGa > 2:176963/1‑148 (MQ=255) | GTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCTTTCCCCAGCAGGCTGCGGATGAAACCAGA > CP009273/3306020‑3306312 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |