| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,373,457 | C→A | 100% | intergenic (‑101/‑93) | yhcM ← / → yhcB | putative AFG1‑like family P‑loop ATPase/DUF1043 family inner membrane‑anchored protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,373,457 | 0 | C | A | 100.0% | 741.6 / NA | 229 | intergenic (‑101/‑93) | yhcM/yhcB | putative AFG1‑like family P‑loop ATPase/DUF1043 family inner membrane‑anchored protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (119/110); total (119/110) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
ATTAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTCTGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGAAACAAAAGACAACGGGAGATGTTCATGACCTGGGAATATGCGCTAATTGGGTTAGTCGTCGGCATCATTATTGGTG > CP009273/3373312‑3373601 | aTTAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCCGTCGGGATTCCACTTAtg > 2:836441/1‑148 (MQ=255)aTTAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTAtg > 2:582894/1‑148 (MQ=255) ttAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCCGTCGGGATTCCACTTAtgt < 1:1110382/148‑1 (MQ=255) ttAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTAtgt < 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cTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGAAACAAAAGACAACGGGAGATGTTCATGACCTGGGAATATGCGCTAATTGGGTTAGTCGTCGGCATCATTATTGGTg < 2:1238125/148‑1 (MQ=255) | ATTAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTCTGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGAAACAAAAGACAACGGGAGATGTTCATGACCTGGGAATATGCGCTAATTGGGTTAGTCGTCGGCATCATTATTGGTG > CP009273/3373312‑3373601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |