| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,403,534 | C→T | 100% | intergenic (+224/‑105) | prmA → / → dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,403,534 | 0 | C | T | 98.5% | 645.8 / 0.3 | 198 | intergenic (+224/‑105) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base T (96/99); total (99/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGAT > CP009273/3403389‑3403676 | cGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATtttt < 1:1067763/148‑1 (MQ=255) aaTTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGAt > 2:2492099/1‑148 (MQ=255) tttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATcc > 2:2429538/1‑148 (MQ=255) tttGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTTTTTGATcc < 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tAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCg < 2:880076/148‑1 (MQ=255) aaaTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGc < 2:37069/148‑1 (MQ=255) aTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCt > 1:197499/1‑148 (MQ=255) aTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCt > 1:185406/1‑148 (MQ=255) aTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCt > 1:3514517/1‑148 (MQ=255) cAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGAt > 2:2611087/1‑148 (MQ=255) | CGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGAT > CP009273/3403389‑3403676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |