| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 259,494 | G→T | 100% | C75* (TGC→TGA) | yafW ← | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 259,494 | 0 | G | T | 98.5% | 644.4 / 0.7 | 199 | C75* (TGC→TGA) | yafW | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (96/100); total (98/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGT > CP009273/259349‑259641 | gcccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCa < 1:3355300/148‑1 (MQ=255) tGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGc > 1:1880612/1‑148 (MQ=255) gAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCa < 1:2659847/148‑1 (MQ=255) gAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |