Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,639,239 | G→T | 100% | P165P (CCG→CCT) | rlmJ → | 23S rRNA m(6)A2030 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,639,239 | 0 | G | T | 99.5% | 604.8 / ‑4.3 | 187 | P165P (CCG→CCT) | rlmJ | 23S rRNA m(6)A2030 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (78/108); total (78/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGAACTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCG > CP009273/3639095‑3639383 | aaCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTa > 2:2400891/1‑148 (MQ=255) aCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTat > 1:344146/1‑148 (MQ=255) aCCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTatgaaat > 1:1704309/1‑148 (MQ=255) cccGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTatgaaatg < 1:3127289/148‑1 (MQ=255) cccGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTatgaaatg > 2:3397588/1‑148 (MQ=255) ccGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTatgaaatga > 1:2567013/1‑148 (MQ=255) cGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTatgaaatgaa > 2:1679002/1‑148 (MQ=255) aGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGaaaa < 2:303620/148‑1 (MQ=255) cGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACt > 1:2038640/1‑148 (MQ=255) cGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACt < 1:3447407/148‑1 (MQ=255) gATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTg < 2:2136732/148‑1 (MQ=255) gATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTg < 2:220491/148‑1 (MQ=255) aTTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCATAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGa > 1:756096/1‑148 (MQ=255) ttACCCTTTGTTGGGTTCTTAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTATTCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGAc < 2:1348223/148‑1 (MQ=255) 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gttgCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCg < 2:1707555/148‑1 (MQ=255) ttgCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCgg > 1:1555117/1‑148 (MQ=255) tgCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCggt < 1:2288931/148‑1 (MQ=255) tgCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCggt > 1:1125786/1‑148 (MQ=255) tgCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGAATATCAAGCggt < 1:2507651/148‑1 (MQ=255) cGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCggtgg > 1:685296/1‑148 (MQ=255) tCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCa > 2:1053233/1‑148 (MQ=255) tCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCa > 1:2527124/1‑148 (MQ=255) gAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCg < 1:2523379/148‑1 (MQ=255) ttCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGAt > 1:1254730/1‑148 (MQ=255) tCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATa < 2:2027094/148‑1 (MQ=255) cAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAg < 1:3015937/148‑1 (MQ=255) gAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCa > 1:3337048/1‑148 (MQ=255) aaaGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAg > 1:1486435/1‑148 (MQ=255) aaGATCGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCTCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGa < 1:2097279/148‑1 (MQ=255) aaGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGa < 1:804382/148‑1 (MQ=255) aaGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGa < 1:804603/148‑1 (MQ=255) aaGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGa < 1:2403176/148‑1 (MQ=255) aaGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGa > 1:2481856/1‑148 (MQ=255) aGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGaa < 1:3030320/148‑1 (MQ=255) aGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGaa < 1:2609384/148‑1 (MQ=255) gATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAg < 1:1613223/148‑1 (MQ=255) gATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAg > 1:2898561/1‑148 (MQ=255) tAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGt > 1:3510176/1‑148 (MQ=255) gCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTa < 2:1435303/148‑1 (MQ=255) 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tttCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCa < 2:2539816/148‑1 (MQ=255) tCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACt < 1:1592726/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACtg < 1:1765969/148‑1 (MQ=255) cagcTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGt < 1:3099329/148‑1 (MQ=255) cagcTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGt < 1:3099129/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |