Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,659,083 | T→A | 94.2% | N30Y (AAT→TAT) | gadX ← | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,659,083 | 0 | T | A | 94.2% | 809.7 / 29.8 | 260 | N30Y (AAT→TAT) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/12); new base A (116/129); total (119/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTC > CP009273/3658938‑3659227 | tttttATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATaaa < 1:103989/148‑1 (MQ=255) tttttATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATaaa < 1:1878230/148‑1 (MQ=255) aTGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAg > 2:3245944/1‑148 (MQ=255) tgtgCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGc > 2:352670/1‑148 (MQ=255) gtgCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCg > 1:1848436/1‑148 (MQ=255) tgCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGa < 1:2731565/148‑1 (MQ=255) cATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGata > 2:567101/1‑148 (MQ=255) cATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGata > 2:3327287/1‑148 (MQ=255) aTGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGatat < 2:1729894/148‑1 (MQ=255) tGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt > 2:2911836/1‑148 (MQ=255) aaGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCa > 2:2675246/1‑148 (MQ=255) gATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCAcc > 1:2881001/1‑148 (MQ=255) gATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCAcc < 1:489486/148‑1 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGATAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:624000/1‑148 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCAtt > 2:605621/1‑148 (MQ=255) aaTGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTaa < 1:1378458/148‑1 (MQ=255) cctcctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCAt > 1:1581876/1‑148 (MQ=255) ctcctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATg < 1:2373277/148‑1 (MQ=255) cctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt < 1:2812113/148‑1 (MQ=255) aGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatat > 1:3431545/1‑148 (MQ=255) cATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat < 1:3006088/148‑1 (MQ=255) cATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat < 1:738170/148‑1 (MQ=255) tCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATAttt < 1:2147764/148‑1 (MQ=255) gggAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTAt < 1:3486877/148‑1 (MQ=255) ggAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATg < 2:815748/148‑1 (MQ=255) gagaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGt < 1:1032303/148‑1 (MQ=255) agaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTc > 2:200118/1‑148 (MQ=255) gaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCt < 2:1728947/148‑1 (MQ=255) gaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCt < 2:1141780/148‑1 (MQ=255) gaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCt < 1:3030399/148‑1 (MQ=255) aaaTAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCtt < 2:2285481/148‑1 (MQ=255) tGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATAc > 2:2305723/1‑148 (MQ=255) gCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAAt > 1:671543/1‑148 (MQ=255) gtCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGa < 1:3375370/148‑1 (MQ=255) gtCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGa < 2:69157/148‑1 (MQ=255) cTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAAt > 2:950364/1‑148 (MQ=255) gACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCGACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTcc < 2:441903/148‑1 (MQ=255) acacGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCCTGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTccc < 1:1228087/148‑1 (MQ=255) cacGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCa < 1:2575130/148‑1 (MQ=255) acGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCAt < 1:1484604/148‑1 (MQ=255) gAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGt < 1:1679486/148‑1 (MQ=255) aaTACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTa > 2:1097699/1‑148 (MQ=255) aCAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTg < 2:1178858/148‑1 (MQ=255) cAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGa < 2:1183838/148‑1 (MQ=255) aaaaTTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGAt > 2:1695794/1‑148 (MQ=255) aTTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGc < 2:3490451/148‑1 (MQ=255) tttCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCAt > 1:1692997/1‑148 (MQ=255) tttCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCAt < 2:2406204/148‑1 (MQ=255) ttCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATa > 1:2536033/1‑148 (MQ=255) cAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGt > 1:1793514/1‑148 (MQ=255) acccacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTg < 2:2010244/145‑1 (MQ=255) acacacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTg > 2:2497817/1‑148 (MQ=255) cacacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGa > 1:2007804/1‑148 (MQ=255) acacTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGAc < 2:1165123/148‑1 (MQ=255) tATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAat < 2:2935713/148‑1 (MQ=255) tCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAatat < 2:2710416/148‑1 (MQ=255) cTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 1:1993134/1‑148 (MQ=255) cTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 2:753481/1‑148 (MQ=255) cTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt < 1:3201183/148‑1 (MQ=255) cTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 1:2404087/1‑148 (MQ=255) cTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATAtt > 1:1331261/1‑148 (MQ=255) aCTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTAc < 2:3277308/148‑1 (MQ=255) cTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACa < 1:1120810/148‑1 (MQ=255) cTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACa < 1:2269795/148‑1 (MQ=255) cTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACa < 1:504802/148‑1 (MQ=255) tCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACAt < 2:311332/148‑1 (MQ=255) tCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACAt > 1:532932/1‑148 (MQ=255) tttGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACa < 1:832572/148‑1 (MQ=255) ttGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACACTTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACat < 1:246520/148‑1 (MQ=255) tgtcTTGCATCCGCAATAACCAGTTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGAATACGCAATTAGAAAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACata < 2:1445189/145‑1 (MQ=255) gCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATAtt < 1:2614725/148‑1 (MQ=255) cTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTa > 1:1708257/1‑148 (MQ=255) ttGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc > 2:1485373/1‑148 (MQ=255) ttGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc < 1:3415203/148‑1 (MQ=255) ttGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTAc < 1:2497817/148‑1 (MQ=255) tGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACt < 1:3083730/148‑1 (MQ=255) gCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTg < 1:2106353/148‑1 (MQ=255) cATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGt < 1:289236/148‑1 (MQ=255) aTCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGtt < 1:953037/148‑1 (MQ=255) aTCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGtt < 1:917192/148‑1 (MQ=255) ccGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTtta > 1:294208/1‑148 (MQ=255) ccGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTtta > 2:2445256/1‑148 (MQ=255) ccGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTtta > 1:2556542/1‑148 (MQ=255) cGCAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttat < 2:1848436/148‑1 (MQ=255) cAAAAACCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttatta < 1:3158945/148‑1 (MQ=255) aaaaaCCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTaa > 2:1364908/1‑148 (MQ=255) aaaaCCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAAt > 1:972232/1‑148 (MQ=255) aaaCCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATg > 2:495271/1‑148 (MQ=255) aCCAGGTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTa > 2:2771300/1‑148 (MQ=255) ggTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTCATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCAc > 2:3358029/1‑148 (MQ=255) gTCACCGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCAcg < 1:1097699/148‑1 (MQ=255) cGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACgccgcc > 2:2587892/1‑148 (MQ=255) cGCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACgccgcc > 2:2586843/1‑148 (MQ=255) gCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGccc < 2:377866/148‑1 (MQ=255) gCCATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGccc < 1:1461717/148‑1 (MQ=255) ccATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCct > 1:2521886/1‑148 (MQ=255) cATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCctc < 1:567101/148‑1 (MQ=255) cATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCctc < 2:1212716/148‑1 (MQ=255) cATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCctc < 2:1753117/148‑1 (MQ=255) cATAAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCctc < 2:205001/148‑1 (MQ=255) | TTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTC > CP009273/3658938‑3659227 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |